В итоге всеобщее восстание, начавшееся с мятежа северных кланов исаак, закончилось победой повстанцев. Однако сформировавшиеся за это время настоящие клановые армии, демобилизовать которые было невозможно, теперь готовы были сражаться за власть дальше, хотя ни у одной из них не было достаточно сил для окончательной победы. В отличие от времен гражданского правления в 1960-1969 годах и военной диктатуры Сиада Барре, когда у власти находилась одна клановая элита, которой для удержания власти приходилось искать союзников или запугивать конкурентов, теперь в Сомали образовалось несколько независимых клановых центров силы. Идеологическая составляющая всех повстанческих движений утратила свое значение. Клан стал главным рычагом в борьбе за власть.
Всеобщая гражданская война
Конфликт, разразившийся в 1991 году в Сомали после свержения Мохаммеда Сиада Барре, с одной стороны, стал логическим продолжением гражданской войны, но, с другой стороны, приобрел принципиально иной характер. Если раньше противостояли друг другу центральная власть и повстанческие движения, для которых их клановая основа являлась, в первую очередь, цементирующим элементом, то теперь те же повстанческие движения, стараясь сохранять внешние политические атрибуты и приверженность к общесомалийским ценностям, добивались доминирования только своего клана. Особая клановая основа гражданской войны в Сомали предопределила ее специфическую «фрагментарность». Невозможно рассматривать эту войну как единый взаимосвязанный процесс. Основная вооруженная борьба велась в центральной и южной частях страны. Северные же территории республики самоустранились, выбрав независимость.
17 мая 1991 года Центральный комитет СНД провозгласил создание Республики Сомалиленд в границах Британского Сомалиленда, в которую вошли провинции Вокойи Галбид, Тогдер, Санаг. В сравнении с остальным Сомали Сомалиленд, благодаря относительной клановой однородности, сумел избежать долгих и кровопролитных межклановых войн. Основной причиной периодически вспыхивавших столкновений стала борьба за власть внутри кланов исаак.
Северо-восточные территории Сомали Бари, Нугал и северная часть провинции Мудуг перешли под контроль Сомалийского демократического фронта спасения — группировки клана маджертин. Это территориальное образование получило название Пунтленд. Кроме маджертин эти провинции населяют, в основном, родственные ему кланы варсангели и долбаханте. Они же составляют основную часть населения провинции Сул и восточной части провинции Санааг. Представители этих пяти провинций 15 мая 1998 года на конференции в Гарове объявили о создании автономного государства Пунтленд в составе Сомалийской республики. Однако с 1991 года северо-восточные провинции фактически существовали независимо. Самым масштабным участием отрядов СДФС в гражданской войне стали кровопролитные боевые действия против боевиков генерала Айдида в центральном Мудуге и в провинции Галгудуд весной-летом 1991 года, а также в течение 1993 года. Итогом конфликта стало окончательное оформление южной границы Пунтленда.