Уже с первых дней войны оперативная обстановка в прифронтовой полосе Северо-Западного фронта оказалась исключительно сложной. В период 26–28 июня 1941 года 8-я и 27-я армии отходили от границы в сторону Риги. Как грибы после дождя, повсеместно начали появляться и вести активную враждебную деятельность националистические формирования На многих крышах Риги сидели автоматчики, которые обстреливали идущие армейские колонны. В ночное время сигнальщики ракетами показывали немецким самолетам места расположения войск и боевой техники. За два дня напряженной работы пограничниками было задержано 126 автоматчиков и сигнальщиков и несколько десятков сбито с крыш огнем из винтовок. Так уж получилось, что войска по охране тыла во время отступления фронта оказывались в различных ситуациях. В одних случаях части сумели приобрести опыт несения службы в условиях, когда войска фронта занимали оборону, в других – когда вели наступление, совершали вынужденный или плановый отход. Обобщенный опыт лег потом в основу инструкций и наставлений деятельности войск НКВД по охране тыла в зависимости от положения фронтов. В прифронтовой полосе Северо-Западного фронта в период стабилизации фронта осенью 1941 года впервые за годы Великой Отечественной войны было проведено отселение местного населении. Вход в закрытую зону и выход из нее осуществлялись только по разрешению военного командования. Нарушившие запрет лица задерживались. В это время основной задачей службы в прифронтовой полосе являлась борьба с бандами, националистическими группами, преступным элементом.
Наиболее ответственной частью деятельности войск НКВД по охране тыла являлась работа фильтрационных пунктов (ФП). По опыту работы на границе в каждом подразделении и части определялось место, куда доставлялись задержанные на КПП граждане и военнослужащие для выяснения личности и причин нахождения в данном месте.
ФП играли важную роль в разоблачении враждебного и преступного элемента. Задержанные лица, вызывающие подозрение, арестовывались как вражеские агенты или уголовный элемент и передавались в особые отделы или военные трибуналы для ведения следственных действий. В момент создания службы на фильтрационных пунктах в пограничных частях и частях оперативного назначения войск НКВД опыта работы с задержанными не было, перед личным составом такая задача не ставилась и не предусматривалась какими-либо правовыми актами. Определенные навыки по первичному опросу задержанных на границе лиц у небольшой части командного состава пограничных войск имелись, но их было явно недостаточно для большого объема фильтрационной работы в прифронтовой полосе. При этом важную роль в ее совершенствовании играли контакты командного состава фильтрационных пунктов с территориальными органами НКВД и милиции, особыми отделами НКВД соединений и частей Красной Армии, которые оказывали посильную помощь в разборе наиболее сложных дел. В помощь фильтрационным пунктам для рассмотрения наиболее сложных дел по указанию НКВД СССР Управлениями войск по охране тыла во взаимодействии с территориальными органами НКВД были сформированы специальные группы из хорошо подготовленных юристов. Так, на Западном фронте в г. Клин была создана такая группа в составе 30 человек во главе с заместителем начальника Управления НКВД по Московской области. Группа в своей работе была непосредственно связана с фильтрационными пунктами войсковых частей НКВД, откуда в ее распоряжение направлялся соответствующий контингент задержанных.