Основная масса задержанных подвергалась фильтрации (выяснению личности) в ротах и батальонах силами командного и начальствующего состава, они первыми проводили дознание, выявляли, кто есть кто. Нагрузка на личный состав ведущих работы по фильтрации была огромной. На каждом ФП Юго-Западного и Южного фронтов в течение сентября-декабря 1941 года ежедневно рассматривались дела на 90—100 задержанных. Данных о результатах этой работы нет, но можно полагать, что в подобной обстановке трудно было ожидать тщательного рассмотрения материалов по каждому задержанному. А это стало одной из причин того, что в первые месяцы войны количество разоблаченного враждебного и преступного элемента было незначительным.
По мере приобретения опыта результаты работы фильтрационных пунктов повышались. Так, в первые месяцы войны на Юго-Западном фронте из числа задержанных выявлялось ежемесячно в среднем до 30 вражеских агентов и относительно небольшое количество различного рода преступников, в конце второго полугодия результаты были иными: шпионов задерживалось в два раза больше, преступного элемента – в разы. При этом если в начале организации службы фильтрационных пунктов они ежедневно рассматривали чуть более ста материалов на задержанных гражданских лиц и военнослужащих, в конце года их число было уже в десять раз больше. При этом важно отметить: количество задержанных на КПП к концу года возросло в основном за счет военнослужащих, находившихся в плену и освобожденных Красной Армией, а также вышедших из окружения, проверка материалов на которых в определенной мере упрощалась.
Факт повышения эффективности деятельности личного состава на контрольно-проверочных пунктах и ФП по задержанию, выявлению и разоблачению враждебного и преступного элемента показывают имеющиеся материалы раскрываемости. Так, в период с 31 августа по 31 декабря 1941 года раскрываемость по Юго-Западному фронту составила 49,5 %, но по месяцам она была далеко не равномерной. Если на 1 сентября раскрываемость составляла всего 11,6 %, то уже в сентябре достигла 40,5 %, в ноябре 49,9 %, а в декабре 73,1 %. При этом особенно заметен рост числа разоблачений подозреваемых в шпионаже лиц. Например, в декабре 1941 года войсками НКВД по охране тыла Юго-Западного фронта было задержано 147 шпионов и диверсантов, что составило 79 % от числа задержанных вражеских агентов с 1 сентября и свыше 50 % от числа задержанных и разоблаченных за все предыдущие месяцы войны[103].
Результаты деятельности войск НКВД по охране тыла на других фронтах в процентном отношении мало чем отличаются от приведенных. А это означает, что личный состав в полной мере стал справляться со своими обязанностями в борьбе с враждебным и преступным элементом только спустя полгода после начала войны.