Тем временем на прусском фронте случился конфуз. Остановить наступление противника не удалось; боевые действия развернулись на австрийской территории — в Богемии. 29 июня императорские войска и их саксонские союзники понесли серьезный урон от огня дальнобойной прусской артиллерии и вынуждены были отступить, заняв позиции в районе селения Садова, неподалеку от города Градец-Кралове (Кениггрец). На следующий день командующий Бенедек послал императору отчаянную телеграмму: «Умоляю Ваше Величество любой ценой срочно добиваться мира. Катастрофа представляется неотвратимой». Бенедек не был трусом, хотя после войны именно на него свалили всю вину за поражение. Он просто слишком хорошо видел недостатки собственной армии и достоинства войск противника.
Франц Иосиф молчал. 3 июля началось сражение при Садовой — крупнейшее на тот момент в европейской истории (в нем участвовало около 450 тыс. человек). Единственным шансом на успех для австрийцев было разбить 1-ю прусскую армию до подхода 2-й армии под командованием кронпринца Фридриха. Несмотря на отчаянные атаки кавалерии Бенедека, добиться этого не удалось. Подоспевшие прусские части рассеяли австрийцев. Предрешен оказался не только исход войны, но и судьба Германии. В качестве главной германской династии на смену Габсбургам пришли Гогенцоллерны.
Опьяненные победой, прусские военачальники и сам король настаивали на окончательном унижении Австрии, взятии Вены и параде прусских войск в австрийской столице. Бисмарку с его великолепным политическим чутьем стоило Немалых усилий убедить Вильгельма I в необходимости быть снисходительным к побежденным. «Я занимаюсь неблагодарным делом, — жаловался премьер-министр в письме жене, — Подливаю воду в бурлящее вино и убеждаю, что мы не одни Живем в Европе, что кроме нас здесь есть три сильных государства, которые испытывают к нам ненависть и зависть». Австрия, ослабленная и униженная, отныне была нужна Пруссии в качестве союзника: «второй рейх», который строил Бисмарк, ждало столкновение с гораздо более сильным врагом — Францией, да и перспективы отношений с Россией были неясны. Поэтому условия Пражского мира, которым закончилась «семинедельная война», оказались щадящими для Австрии. Она была исключена из Германского союза, потеряла Венецию, но, несмотря на разгром при Садовой, осталась заметной величиной в европейской политике.
Теперь перед Францем Иосифом стояла одна важнейшая проблема — внутриполитическая: сохранение единства дунайской монархии, создание гармоничного центральноевропейского государства, не отягощенного сверхзадачами установления своего господства на сопредельных территориях. В конце концов, нет худа без добра: неудачные войны 1859 и 1866 гг. привели к тому, что «итальянский и немецкий национальные вопросы отныне практически перестали быть внутренним фактором существования [монархии]. Империя избавилась от тяжкого бремени, исчезла та раздвоенность и неуверенность, которую постоянно ощущали немцы Австрии, будучи... органической частью германской общности. Уход Австрии из Германии явился первой политической предпосылкой для самоидентификации австрийских немцев в качестве отдельной от Германии самостоятельной нации»