В этих условиях — особенно если учесть, что в лице Франца Фердинанда с политической сцены ушла фигура, претендовавшая на независимость и самостоятельность, — австро-венгерская бюрократия не могла быть заинтересована в том, чтобы новый наследник престола начал играть роль, хотя бы подобную роли его предшественника, не говоря уже о большем. Эрцгерцог Карл в первые годы войны попал в негласную изоляцию, источником которой был не столько старый монарх, сколько его сановники. Выйти из этого положения самостоятельно Карл не мог, поскольку не был столь сильной личностью, как его дядя. Хотя уже в 1914—1915 гг. молодой наследник стал проявлять себя с неожиданной для многих стороны: «Он упрямо придерживался точки зрения, которая казалась ему правильной в том или ином вопросе, и ее изменения не могли от него добиться никакие помощники со своими доводами... В то время как императора можно было легко переубедить с помощью контраргументов, тот, кто пытался добиться подобной цели в отношении наследника, мог быть уверен в неудаче. Эрцгерцог настаивал на том, что решение должно быть принято в соответствии с его волей». При этом, однако, «не обращая большого внимания на советы специалистов, он легко поддавался влиянию друзей... Разговор с кем-либо из них мог во мгновение ока изменить его позицию» (Pernes J. Posledni Habsburkove. Karel, Zita, Otto a snahy о zachranu cisabkeho trunu. Brno, 1999. S. 118).
В августе 1914 г. Карл был прикомандирован к генеральному штабу, однако серьезного влияния на разработку военных планов монархии не оказывал. Он сам чувствовал, что его не подпускают к государственным делам, и тяготился этим. К тому же его отношения с верховным главнокомандующим эрцгерцогом Фридрихом оставляли желать лучшего. В начале 1916г. наследник наконец добился желанной цели — отбыл на итальянский фронт, где получил командование 20-м армейским корпусом. К тому времени, в свои 28лет, он имел звания генерала от кавалерии и контр-адмирала. В Италии корпус эрцгерцога Карла участвовал в Straf expedition, осуществленной по плану Конрада фон Гетцендорфа. Наследник часто появлялся на позициях, встречался с солдатами, интересовался новыми видами вооружений, особенно авиацией. В армии наконец начали узнавать того, кому через несколько месяцев суждено было стать верховным главнокомандующим.
Однако перед этим Карл успел еще покомандовать 1-й армией, которая в августе 1916 г. вступила в бой с румынскими войсками. На румынском фронте эрцгерцог почувствовал вкус победы, но увидел и другое: насколько велика зависимость армии и всей монархии от германского союзника. Это не могло не беспокоить наследника. Однако ни конкретными планами преобразований, ни толковыми и преданными советниками Карл обзавестись не успел. Когда 11 ноября 1916 г. из Вены пришла срочная телеграмма, извещавшая наследника о резком ухудшении здоровья императора, он отбыл в столицу принимать власть, сопровождаемый сочувственным взглядом немецкого генерала Г. фон Зеекта. По его словам, эрцгерцог «один уехал навстречу ночи и своей судьбе, столь молодой и столь одинокий, окруженный одними лакеями, одними слугами-истуканами. И никого, кто сказал бы ему правду».