Женитьба Максимилиана на двоюродной сестре, дочери Карла V Марии, стала первым из серии брачных союзов, связавших австрийских и испанских Габсбургов. Брак по расчету неожиданно обернулся глубокой привязанностью, которую супруги сохранили до конца своих дней. Максимилиан явно «перебесился», и его семейная жизнь была весьма счастливой. Как и его отец, Максимилиан II имел множество детей, из которых выжили девять, в том числе шестеро сыновей. Интересно, что ни один из них не имел законнорожденных отпрысков, что и привело к пресечению старшей мужской линии Габсбургов — прямых потомков Фридриха III.
Некоторое время после свадьбы Максимилиан жил в Испании. Строгий и довольно унылый придворный церемониал, чопорность испанских вельмож, слишком жаркий климат — все выводило его из себя. К тому же отношения с Филиппом, братом его жены Марии, у австрийского принца не сложились, ибо замкнутый и надменный Филипп был олицетворением испанской гордости, да и чрезмерная набожность кузена не слишком импонировала Максимилиану. Враждебность к Испании вылилась у Максимилиана в подчеркнутую «немецкость» его поведения и усилила его симпатии к протестантам.
В конце 50-х гг. эти симпатии привели к открытому конфликту между Фердинандом I и его сыном. Император, побуждаемый фанатичным папой Павлом IV и Филиппом Испанским, требовал от Максимилиана торжественной клятвы верности католической церкви. С политической точки зрения Фердинанд был прав: курфюрсты никогда не избрали бы императором некатолика. Поколебавшись, принц сдался и помирился не только с отцом, но и с Филиппом, к которому несколько лет спустя даже отправил на воспитание двух своих сыновей — Рудольфа и Эрнста. Однако внутренне Максимилиан, несомненно, продолжал симпатизировать учению Лютера и поддерживал довольно тесные связи со многими протестантскими князьями. Это, в свою очередь, было политически верным шагом, поскольку давало королю, а затем императору возможность быть олицетворением религиозного компромисса и мира. Подобная роль импонировала Максимилиану II еще и потому, что соответствовала его настроениям. Свое политическое кредо этот монарх-гуманист выразил так: «Религиозные споры, — писал он, — можно разрешить не силою меча, а лишь Божьим словом, христианским милосердием и справедливостью».
Это мнение, увы, разделяли немногие католики и протестанты. Задуманная императором реформа католической церкви, допускавшая браки священников и участие мирян в богослужении (т. е. сближавшая католицизм с лютеранством), встретила ожесточенное сопротивление Рима и ультракатолической партии в самой империи. Кроме того, и протестанты уже не были едины, в их землях быстро расширялся конфликт между последователями Лютера и приверженцами более радикального женевского проповедника Жана Кальвина. Разные виды протестантизма получали все большее распространение в Чехии, Венгрии и даже в Австрии — сердце наследственных владений Габсбургов. Новая религиозная война могла вспыхнуть в любой момент, тем более что дурной пример в этом отношении подавала Франция, где с начала 60-х гг. то разгорались, то утихали бои между католиками и протестантами-гугенотами.