Император со своими терпимыми и гуманистическими взглядами оказался, с одной стороны, совершенно одинок, а с другой — недостаточно силен и политически изощрен, чтобы найти конструктивное решение сложнейшей задачи — долговременного сохранения единства и мира в империи. Осудив решение папы отлучить от церкви английскую королеву Елизавету I (1570), а затем столь же резко отозвавшись о Варфоломеевской ночи — резне гугенотов в Париже в августе 1572 г., Максимилиан II окончательно испортил отношения с Римом. Призывы к сдержанности, с которыми он обращался к Филиппу И, затеявшему войну с «еретиками» в Нидерландах, привели к новому австро-испанскому охлаждению. Делу не помогла даже женитьба Филиппа на одной из дочерей Максимилиана, Анне Австрийской, наконец-то подарившей испанскому королю наследника.
Таким образом, на протяжении всего своего относительно недолгого царствования Максимилиан II балансировал между католиками и протестантами, миром и войной, единством и хаосом. Попытка расширить владения Габсбургов провалилась: претензии Максимилиана на польский трон (1575) остались неудовлетворенными, польская шляхта предпочла Стефана Батория. Единственной политической задачей, которую императору удалось успешно решить, стало сохранение за Габсбургами императорской короны: в 1575 г. его старший сын Рудольф был коронован римским королем.
Осенью 1576 г. Максимилиан созвал очередной рейхстаг в Регенсбурге. Тяжело больной, он еще успел произнести перед участниками имперского съезда речь, в которой в очередной раз призвал князей и сословия к согласию, порядку и миру. Закончив последнюю фразу, император потерял сознание, и слуги вынесли его из зала. Агония продолжалась несколько дней. Набожная императрица Мария в слезах умоляла мужа собороваться и исповедаться, как подобает доброму католику. «Мой исповедник — на небесах», — ответил Максимилиан. Так он и умер, унеся в могилу загадку своей подлинной веры.
А поскольку историческая память человечества отличается странной избирательностью, и кровавых тиранов люди порой помнят дольше и почитают сильнее, нежели правителей-гуманистов, неудивительно, что в историю Максимилиан II вошел как доброжелательный, но слабый чудак, «странный» или «загадочный» император, облик которого теряется, с одной стороны, в тени великого предка — Карла V, а с другой — в зареве уже относительно недалекой Тридцатилетней войны. Трудно не согласиться с австрийской писательницей Зигрид-Марией Грессинг: «Эпохе религиозных столкновений были чужды подлинная человечность и терпимость»