Более совершенные ЛаГГ-3 с 37-мм пушками Ш-37, выпущенные заводом № 21 в 1941–1942 гг., поступили в 42-й иап подполковника Ф. И. Шинкаренко (с 9 октября 1942 г. этот полк стал 133-м гвардейским), который в марте 1942 г. начал их войсковые испытания на Брянском фронте.
«Первое испытание в бою, — вспоминал Шинкаренко, — прошло вне предусмотренной программы. Когда мы ещё только готовились начать боевую работу, над аэродромом появилось несколько фашистских бомбардировщиков.
ЛаГГ-3 с пушкой НС-37 во время войсковых испытаний, 21-й иап, Калининский фронт, аэродром Старая Торопа, май 1943 г.
Два звена «ЛаГГов» в воздушном бою сбили из пушек три самолёта противника. Лётчики… восторженно отзывались о пушке, снаряды которой оставляли большие пробоины в плоскостях и фюзеляже вражеских бомбардировщиков. Однако, несмотря на тренировки, некоторые лётчики в первой же атаке израсходовали все патроны. Выяснилось также, что при ведении огня из пушки длинными очередями «ЛаГГ» терял скорость. Подобное мы замечали и раньше, когда тренировались в стрельбе по наземным целям, но в бою это проявилось особенно отчётливо».
Противник, узнав о появлении на фронте столь мощного оружия, буквально начал охоту за самолётами полка. В результате испытания пришлось прервать. В мае 42-й иап направили на Западный фронт, подчинив 202-й иад полковника Б. И. Янсена. Почти после каждого боевого вылета лётчики докладывали о сбитых немецких самолётах. По свидетельству Шинкаренко, командир эскадрильи капитан М. Горбанёв первым в полку сбил бомбардировщик He.111, причём огонь открыл с дистанции 400 м — это почти в два раза больше, чем ранее практиковалось в боях для надёжного поражения воздушных целей. Известно, что только в августе 1942 г. в воздушных боях из 37-мм пушек было сбито 45 вражеских самолётов. Кроме 42-го иап, ЛаГГ-3 с 37-мм пушками был укомплектован и 188-й иап подполковника Г. И. Черепанова.
Войсковые испытания истребителей с пушками НС-37 проходили с 21 апреля по 7 июня 1943 г. на Калининском фронте в составе 1-й воздушной армии. Хотя результаты их были признаны успешными, кроме небольшой партии машин, направленных туда, эта пушка на серийных ЛаГГ-3 не устанавливалась. Позднее НС-37 начали монтировать на истребители Як-9Т и штурмовики Ил-2.
Во всё уменьшающихся количествах ЛаГГ-3 состояли на вооружении ВВС, ПВО и морской авиации до конца Великой Отечественной войны. В частности, они принимали участие в освобождении Крыма. 10 января 1944 г. пятёрка ЛаГГ-3 из 790-го иап подполковника И. Г. Королёва перехватила в районе Тархан (Керченский п-ов) 12 пикировщиков Ju.87, шедших в сопровождении пары Bf.109. В бою немцы потеряли три Ju.87 и оба истребителя. В операциях в Крыму были задействованы также 88-й, 159-й, 863-й и 979-й иап, вооружённые ЛаГГ-3.