В ВВС Черноморского флота на 1 января 1945 г. входили 7-й и 62-й иап и 2-й учебный полк. Ни один из них не был полностью укомплектован ЛаГГ-3, но в сумме там насчитывалось 46 машин этого типа.
Много ЛаГГ-3 сохранялось в полках ПВО. Например, на них летала вся 229-я иад. В Подмосковье с середины 1943 г. ЛаГГ-3 начали заменять на Ла-5. В частности, в 178-м иап к концу ноября остался всего один старый истребитель. Всего за период войны ЛаГГ-3, входившие в состав истребительной авиации ПВО, уничтожили 315 самолётов противника.
Довелось участвовать этим машинам и в войне против Японии. На 9 августа 1945 г. ВВС Тихоокеанского флота имели 172 самолёта этого типа — почти треть всех наличных истребителей. В основном их действия сводились к прикрытию штурмовиков, как это было, например, 9 и 10 августа 1945 г. ЛаГГ-3 из 38-го иап в те дни прикрывали Ил-2 37-го шап, атаковавшие порт Юки. Но бывали случаи, когда лётчики на ЛаГГ-3 сами наносили бомбовые и штурмовые удары. Например, днём 11 августа они под прикрытием истребителей Як-9 и Ла-7 совершили налёт на порт Эсутору на Южном Сахалине.
Вскоре после окончания войны началось сокращение вооружённых сил. 22 марта 1946 г. Совет Министров постановил списать большое количество изношенных и устаревших самолётов. В их число вошли 187 ЛаГГ-3. Последние истребители этого типа, видимо, были выведены из эксплуатации к началу 1947 г.
ЛаГГ-3 никогда не поставлялся на экспорт. Однако в 1941–1942 гг. немцам удалось захватить некоторое количество машин этого типа в различном состоянии. Данных об их использовании в Люфтваффе нет, но известно, что в 1942 г. три из них были проданы Германией своим финским союзникам. Эти самолёты эксплуатировались в 1943–1944 гг. эскадрильей LeLv 32 и использовались финнами в Карелии как ближние разведчики. Известен случай боя финского ЛаГГ-3 с точно такой же советской машиной. Долгое маневрирование ни одному из них не принесло победы. После отказа пушки финский лётчик вышел из боя.
В 1945 г. все три ЛаГГ-3 передали эскадрилье HLeLv 11. Там они летали до конца года, после чего были списаны.
Весной 1942 г. один истребитель угнали из Забайкалья в контролировавшуюся тогда японцами Маньчжурию. Самолёт совершил вынужденную посадку на поле с убранным шасси. После ремонта японцы решили испытать ЛаГГ-3. Полёты начались с 29 сентября. Проводилось определение основных характеристик машины и велись учебные бои с японскими истребителями. Дальнейшая судьба этого самолёта неизвестна.
ЛаГГ-3 финских ВВС, эскадрилья LeLv 32, 1943 г. Это самолёт 4-й серии завода № 21, на котором финский завод VL переделал закрылки.