Но комиссарство Яковлева продолжалось недолго: в том же 1918 г. он уходит из штаба, снимает военную форму (в военном билете 1948 г. стоит «без звания») и навсегда выбывает из партии. Его деятельность в 20-е гг. не свидетельствует о каком-либо изменении взглядов по сравнению с 1917–1918 гг. Дело было, видимо, в другом: Яковлеву захотелось вернуться к профессии, а добиться этого можно было, лишь положив партбилет. Уже в 1930 г. он попытается вновь вступить в партию (именно для этого он собрал свидетельства о перевозке денег и закрытии «Русских ведомостей»), но получит отказ, в том числе из-за дворянского происхождения.
Но в науку он попал тогда не сразу. В 1918–1919 гг. он оказался в Наркомпросе в качестве заведующего секцией гуманитарных наук Отдела реформы школы (секретарем секции был тот самый П. С. Кузнецов, только что кончивший гимназию). А подотделом эстетического воспитания (видимо, тоже подчиненным Яковлеву) некоторое время заведовал О. Э. Мандельштам. По свидетельству Кузнецова, отдел выполнял цензорские функции, рассматривая, что соответствует или не соответствует новой идеологии в существующих букварях и учебниках, какую учебную литературу можно или нельзя переиздавать и пр.
А затем новый поворот. В 1919 г. он оказывается в Саратове (по рассказам его дочерей, спасаясь от голода) и работает на кафедре русского языка и словесности недавно организованного университета (там же в это время был и Н. Н. Дурново). По данным его автобиографии, он в первое время после возвращения в науку занимался полевыми диалектологическими и этнографическими исследованиями, рассылал этнографические анкеты, делал доклад по русской народной драме «Лодка» в семинаре известного литературоведа Н. К. Пиксанова. То есть он продолжал следовать традициям студенческих лет. И ничего похожего на темы его будущих работ.
По возвращении в Москву в следующем 1920 г. – новый поворот, который в отличие от предыдущих определит деятельность Яковлева на долгие десятилетия. Позднее он об этом писал так: «Я решил переменить специальность и заняться языками и этнографией народов Северного Кавказа, изучением которых русская наука к этому времени почти перестала заниматься. Для этого я начал изучать с зимы 1919 г. кабардинский и чеченский язык, а летом 1920 г. по предложению акад. Шахматова и акад. Марра был командирован… на Северный Кавказ». Замечу, что в работах о Яковлеве 60–80-х гг. упоминалось лишь о А. А. Шахматове, а одиозное имя Н. Я. Марра опускали. Но отношения Яковлева и Марра – отдельный вопрос, к которому я еще вернусь.