Но в том же году все обстоятельства жизни меняются: Селищев переезжает из Казани в Иркутск. С чем это было связано? С 7 августа по 10 сентября этого года Казань захватывали белые, затем там окончательно установилась советская власть. Иркутск в это время находился в белогвардейском тылу, новая власть установится там лишь в начале 1920 г. Похоже, что приват-доцент эвакуировался с белыми, что потом, конечно, ему надо было скрывать. Если дворяне Е. Д. Поливанов, Н. Ф. Яковлев, Л. П. Якубинский оказались на красной стороне, то крестьянский сын Селищев большую часть времен гражданской войны провел на территории белогвардейцев, принимая их власть.
В Иркутске в это время только что организовался университет, где Селищев занял кафедру русского языка. Его интерес к сбору и обработке фактов мог здесь найти хорошее применение: русские диалекты Сибири были к тому времени описаны слабо. Особенно любопытны были диалекты забайкальских старообрядцев (так называемых «семейских»), переселившихся на территорию нынешней Бурятии в XVIII в., по обычаям и языку отличавшихся от других русских переселенцев того региона. В мае-июне 1919 г. Афанасий Матвеевич осуществил экспедицию к этим старообрядцам, собрав материал не только по языку, но и по этнографии и культуре. В 1920 г. книга «Забайкальские старообрядцы. Семейские» вышла в Иркутске. Лишь в 2003 г. она переиздана в Москве.
Экспедиция проходила в крайне тяжелых условиях, и не случайно книге предпослан эпиграф из «Плача Иеремии»: «Вспомни нищету мою и гонение мое. Я вспоминаю горечь и желчь мою, – стеснена во мне душа моя». Селищев пишет: «Я должен был по возможности принять меры к более или менее безопасному странствованию по местности, где еще недавно происходили полные ужасы экзекуции карательных отрядов». «О бурных наездах карателей, действовавших именем полковника Семенова, о их разнузданной вольности мне рассказывали в каждом селе». В Верхнеудинске (ныне Улан-Удэ) и его окрестностях «настроение было напряженное: столкновения “семеновцев” с американцами, привоз бурятского “царя” и его министров, разговоры о разных “конфликтах” сгущали городскую атмосферу». К тому же «иркутские газеты не допускались к обращению в Верхнеудинске». И это даже не столкновения белых с красными: разные силы белого лагеря враждовали между собой. В старообрядческих деревнях, когда-то зажиточных (о чем сказано даже в «Дедушке» Н. А. Некрасова), теперь «есть заболевания голодным тифом… трезвость шатается, на подати ропщет народ, суд творит присланная милиция». «Печальную картину представляет нравственное состояние старообрядческого общества. В особенности пошатнулось молодое поколение… Выход молодежь нашла бы – в школе, в образовании. Этого нет, и молодежь пьянствует, развратничает, хулиганствует». Но не может одобрить Селищев и «заплесневелые формулы» старшего поколения: «От всех болезней там лечат знахарки. Обратиться к врачу – большой грех, по Писанию».