Публикации Конрада, возобновившиеся с 1944 г., отражают изменение ситуации в советской науке. Показательны названия некоторых из них – «Чехов в Японии», «Белинский и японская литература»: проблема влияния русской культуры на мировую культуру стала приоритетной. В публикациях по языку тех лет уже нет никакой «классовости языка» (еще до осуждения ее Сталиным), зато, опять-таки в духе еще не написанной сталинской брошюры, говорится о «языковом единстве народа», обеспечивающем «национальное единство».
Но начиналась «борьба с космополитизмом». Конрад переживал ее тяжело, даже несмотря на то, что его самого публично не прорабатывали и прямо «космополитом» не объявили. Однако гонениям подверглись люди из его окружения: Я. Б. Радуль-Затуловский, Т. И. Райнов и др., а из Московского института востоковедения в 1949 г. была уволена Наталья Исаевна (родители которой во время войны погибли в гетто). Видимо, Конрад боялся повторения прежних несчастий и, не дожидаясь увольнения, решил уйти сам. С осени 1948 г. он навсегда прекращает преподавание, а с 1 апреля 1950 г. ученый, еще даже не достигший пенсионного возраста, оформляет себе пенсию по состоянию здоровья, сохранив за собой только руководство аспирантами. В это время, 13 марта 1950 г. он писал Б. Н. Заходеру: «Мне трудно было говорить со своими друзьями все это время…. С 1913 года я работаю как вузовский работник, как научный работник – и вот, приходится все оборвать».
Впрочем, обрыв оказался недолгим. В последующий год обстановка в филологических науках стала лучше, и ведущую роль в этом сыграло, как бы это ни показалось в наши дни невероятным, выступление И. В. Сталина против марризма. И весной 1951 г. Конрад соглашается вернуться в академический Институт востоковедения, ставший с тех пор до конца жизни его единственным местом работы, там он уже не занимал административных постов. Общественная его деятельность, впрочем, продолжалась и дальше: новый руководитель филологических наук академик В. В. Виноградов привлек его к разработке программ по перестройке языкознания после низвержения марризма, он активно работал в редколлегии журнала «Вопросы языкознания», позже возглавлял академическую серию «Литературные памятники». В 1958 г. Конрад стал академиком.
Но главной сферой его деятельности окончательно стала научная работа. По-прежнему Конрад был чуток к веяниям времени, что проявлялось даже в тематике его публикаций. Во-первых, в 50-е гг. он больше всего публиковался по вопросам языкознания, хотя и не писал уже столь крупных по объему работ как «Синтаксис»: тогда оно после публикаций Сталина неожиданно стало чуть ли не самой актуальной из гуманитарных наук, где к тому же самим вождем был полностью снят запрет на использование дореволюционных идей. Во-вторых, у него заметно усиление китайской тематики за счет японской: революция 1949 г. и начало «великой дружбы» с Китаем подняли общественный интерес к этой стране, а Япония, уже не противник в войне, но еще не страна «экономического чуда», ушла на время в тень. Правда, главная работа Конрада тех лет по Китаю, Сунь-цзы, была выполнена раньше, но выход ее в 1950 г. оказался очень ко времени, тем более что этот трактат высоко ценил Мао Цзэдун, считавший, что его наставления помогали китайским коммунистам в их вооруженной борьбе. И в лингвистике Конрад начинает все больше писать о китайском языке, впрочем, не оставляя и японский. И здесь у него лучше получались те работы, в которых он обращался к роли языка в культуре: две статьи о литературном языке в Китае и Японии, очищенные от прежнего социологизма, и сейчас не потеряли значения. А вот статья «О китайском языке», посвященная в основном его грамматике, может быть, худшая из работ Конрада. Опять-таки в духе времени он призывал описывать китайский язык по образцу русского, находя в нем словоизменение и русские грамматические категории. А статья члена советской Академии наук была переведена на китайский язык и воспринята в Китае как директива.