Отремонтированный транспорт занял свое место в составе вспомогательного флота.
Рефрижератор «Кубань» (5700 тонн) в феврале 1942 года, следуя из Новороссийска в Керчь с грузом продовольствия для войск, в районе Анапы подорвался на вражеской мине и стал тонуть. Капитан был вынужден повернуть к берегу и приткнуть судно носом к прибрежной отмели.
Вскоре к месту аварии подошел спасательный буксир «Шахтер» с аварийной группой, возглавляемой лейтенантом П. Н. Литвиновым. Судно продолжало заполняться водой. Переборки держали плохо. Чтобы приостановить затопление теплохода, Литвинов принял решение срочно заделать пробоину. Для крепления пластыря следовало подвести под корпус проводник из стального троса. Для этого водолазу надо было пролезть с одного борта на другой, в просвет между днищем постепенно оседавшего судна и грунтом. Риск был большой, лейтенант пошел под воду сам. Он успел проползти с проводником в узкую, на глазах уменьшавшуюся щель под судном. Это определило успех операции.
На изготовление деревянного пластыря требовалось много времени. Поэтому решили заделать пробоину парусиной, употребив на это чехлы грузовых люков аварийного судна. Мягкий пластырь завели быстро. Фальшивые шпангоуты из стального троса, протянутые под «Кубанью», надежно удерживали давление воды через мягкий пластырь.
«Шахтер» имел мощные водоотливные средства. С помощью турбинного насоса, выкачивавшего 1500 тонн воды в час, все отсеки были быстро осушены. Когда теплоход подвсплыл, его стянули на глубокую воду, отвели в Новороссийск и поставили к причалу цементного пирса под погрузку. Здесь «Кубань» постигла новая неудача. После выгрузки продовольствия рефрижератор во время налета на порт самолетов противника загорелся от зажигательной бомбы и затонул. Он был поднят и разрезан на металл уже после освобождения Новороссийска.
Большой объем аварийно-спасательных и судоремонтных работ моряки Новороссийского АСО выполнили начиная с 4 февраля 1943 года, когда был высажен десант на Мысхако. Более семи месяцев (225 дней) герои-десантники на этом плацдарме сдерживали натиск противника, неся значительные потери в живой силе и технике. Чтобы пополнять десант людьми и обеспечивать всем необходимым, из Геленджика каждую ночь уходили на Малую землю 20–30 судов. Многие из них получали боевые повреждения, пробоины от ударов о камни, деформацию гребных винтов, поломки лопастей.
На помощь приходила группа АСО во главе с П. Д. Ветовым. Как правило, плавсредства, вернувшиеся утром с Малой земли с повреждениями, к ночи уже были в состоянии снова выйти в свой опасный рейс. Так, в одном из походов подорвался на вражеской магнитной мине морской буксир СП-15. Под руководством инженера А. И. Фигичева судно было быстро поднято и после ремонта снова вошло в строй.