Вначале было принято решение работы производить по типовым проектам. Оно обосновывалось однотипностью кораблей и тем, что они затонули примерно на одинаковой глубине и не имели боевых повреждений. Однако опыт показал, что каждый подъем имеет свои особенности, требует индивидуальных инженерных решений и разработки особой технической документации. Зачастую приходилось идти вообще неизведанными путями, решать новые, ранее неизвестные технические задачи.
Первым был поднят эскадренный миноносец «Калиакрия», найденный на глубине 28 метров поблизости от оградительного мола Новороссийского порта. Работы производились в период с 17 июня по 5 октября 1925 года. Примененный при этом метод был самым простым. Водолазы под корпусом корабля, лежавшего без крена и дифферента, промыли четыре туннеля и завели в них металлические полотенца со стропами. Затем застропили четыре 400-тонных понтона. Чтобы предотвратить сползание понтонов по борту «Калиакрии» при всплытии корабля, их закрепили за его корпус. Эсминец неглубоко ушел в ил и при продувке понтонов легко оторвался от грунта и медленно всплыл на поверхность бухты. Он сразу же был отбуксирован в порт и поставлен на отмель. Водолазы, проникнув в машинное отделение, отыскали и закрыли кингстоны, после чего из всех помещений была откачана вода.
Надстройки и мачты «Калиакрии» оказались разрушенными. Сердце же корабля — главные и вспомогательные механизмы и котлы — было в отличном состоянии. В начале зимы эсминец отбуксировали в Николаев для ремонта. На переходе в северо-западной части Черного моря он попал в жестокий шторм, на корабль обрушились огромные волны, плавающие льдины. Вода через сорванные крышки палубных люков стала проникать во внутренние помещения и грозила снова затопить эсминец. Но эпроновцам во главе с Ф. А. Шпаковичем удалось отвести беду. Действуя смело и решительно, они закрыли люки и откачали из отсеков воду. Приказом по ОГПУ за спасение «Калиакрии» им была объявлена благодарность.
Восстановленный в короткий срок эсминец под новым названием «Дзержинский» вошел в состав Черноморского флота. Во время Великой Отечественной войны он успешно выполнял боевые задания командования.
В 1926 году, после подъема подводной лодки «Орлан», одной из партий ЭПРОНа было поручено извлечь со дна только что найденный и обследованный водолазами эскадренный миноносец «Пронзительный». Корабль лежал на глубине 31 метра с креном 150° — почти вверх килем. Его палуба и один борт глубоко погрузились в грунт.
Проектом предусматривалось с помощью четырех 400-тонных понтонов вернуть корабль в прямое положение и лишь затем поднять на поверхность. Одна пара понтонов располагалась в носовой части, другая — в кормовой. Водолазам предстояло освободить от грунта и снять торпедные аппараты, чтобы использовать их тумбы для крепления поворотных стропов. Затем, как и в предыдущем случае, промыть под корпусом четыре туннеля и завести в них стальные подъемные стропы. Для предохранения корпуса от перерезания стропами были запроектированы специальные деревянные клетки.