Однако сразу же стало ясно, что место для школы было выбрано явно неудачно. Финский залив с октября по май покрывается льдом, и это не позволяло организовать круглогодичную практику водолазов. Существенно мешало и то, что здесь почти нулевая прозрачность воды. Это обстоятельство вынудило руководство школы проводить учебные спуски под воду не в Кронштадте, а в Выборгском заливе, в районе острова Койвисто.
У школы было немало и других трудностей. Она создавалась на пустом месте. Не было квалифицированных преподавателей, хорошо знающих водолазное дело и основы физиологии этого специфического труда. Не было и учебников. Школа располагала снаряжением только иностранных образцов. На первых порах обучение матросов в школе ограничивалось выполнением таких несложных подводных работ, как осмотр и очистка корпусов кораблей, кингстонов и рулей, размотка тросов, случайно намотавшихся на гребные винты, поиск и подъем различных затонувших предметов и оружия.
В то время еще не было изучено влияние повышенного давления на организм человека под водой, и обучение в школе строилось без учета этого влияния. Матросы зачастую страдали кессонными заболеваниями. Поэтому глубина спусков под воду специальным приказом главного командира Кронштадтского порта была ограничена 15 метрами.
Несмотря на все это, школа постепенно набирала силы. Среди командования и преподавательского состава нашлось немало настоящих энтузиастов водолазного дела. Постигнув подводную науку, глубоко изучив ее основы, они писали учебники, совершенствовали снаряжение, создавали новые отечественные его образцы, разрабатывали методику учебного процесса. Печатью творчества, постоянных поисков были отмечены, в частности, труды мичмана Колбасьева, сконструировавшего подводный телефон и электросветильник, врача Шидловского, изготовившего автоматический воздушный травящий клапан для водолазных рубах и ряд других приспособлений.
В предоктябрьский период, за 1882–1917 годы, школа выпустила 2695 водолазов. В ней готовились также офицеры этой службы.
За сравнительно короткий период школа завоевала признание не только в России, но и за рубежом. Она представлялась на всемирных выставках — в Чикаго в 1893 году, в Антверпене в 1894 году и в Париже в 1901 году. Отечественные образцы подводного металлоискателя, автоматического травящего клапана, предохранительного клапана внутри водолазного шлема, подводного телефона, подводного светильника и других приспособлений и средств были отмечены серебряными медалями.
В 1897 году в школе прошла обучение группа врачей, посвятившая себя изучению физиологии водолазного дела. Последующая их плодотворная деятельность в этой области, создание ими необходимых таблиц позволили добиться постепенного безопасного увеличения глубин спуска.