Помимо учебных спусков матросам-водолазам и офицерам школы нередко приходилось бывать в «настоящем деле». На протяжении ряда лет, начиная с 1897 года, они выполняли подрывные работы на затонувшем броненосце «Гангут». В тот же период многие из них трудились подо льдом при температуре до — 14 °C у борта крейсера «Россия». В 1899 году ими были выполнены подводные работы при снятии с камней броненосца «Генерал-адмирал Апраксин», а в 1905 году — миноносца № 215.
Немало выпускников школы участвовало в русско-японской войне 1904–1905 годов. Во время перехода второй тихоокеанской эскадры из Кронштадта на Дальний Восток был выполнен огромный объем подводных работ, вплоть до основательного ремонта рулей броненосцев.
В 1909 году Водолазной школе поручается подъем со дна Черного моря подводной лодки «Камбала». Эта лодка, в 1908 году тараненная и разрезанная на две части броненосцем «Ростислав», затонула на глубине 58 метров. В подъемных работах принял участие один из талантливых специалистов, водолазный офицер Севастопольского порта Феоктист Андреевич Шпакович. Его опыт, изобретательность и сноровка принесли бесценную пользу. Водолазам удалось поднять носовую часть подводной лодки, после чего судно было введено в док.
Во время гражданской войны, в 1919 году, когда белогвардейские войска Юденича рвались к Петрограду, Кронштадтская водолазная школа была эвакуирована на Волгу, сначала в Саратов, потом в Казань, а через некоторое время — в Вольск. В конце 1921 года она переводится в Петроград, а затем вновь в Кронштадт, но в декабре 1924 года перебазируется в Севастополь и включается в состав Учебного отряда Черноморского флота.
Деятельность школы дала немалый толчок водолазному делу в стране. Подготовка для флота квалифицированных подводников значительно подняла уровень и масштабы судоподъемных и аварийно-спасательных работ.
Один из таких мастеров водолазного дела уже знаком читателю — это Феоктист Андреевич Шпакович. Когда поднималась «Камбала», он уже был дипломированным специалистом и отлично знал свое дело. В 1902 году Шпакович окончил Севастопольское реальное училище и поступил в Харьковский технологический институт. Но вскоре умер отец, и семья лишилась средств к существованию. Феоктист Андреевич оставляет учебу и устраивается на работу в Севастопольский военный порт — сначала конторщиком, а затем заведующим водолазным складом. Исключительно пытливый, смекалистый, он присутствовал на спусках, а однажды сам надел скафандр и побывал под водой. После этого стал тренироваться вместе с водолазами. Вскоре он мог уже свободно ходить по грунту, выполнять несложные подводные работы. С 1903 года командование порта стало поручать ему ответственные задания. Однажды он с группой водолазов установил под водой фундамент с полозьями для спуска со стапеля броненосца «Три святителя». В другой раз предложил оригинальное инженерное решение для подъема минного транспорта «Буг», который был затоплен в Южной бухте в 1905 году во время восстания на Черноморском флоте. Лежащее на небольшой глубине судно мешало движению в этом районе, к тому же трюм «Буга» был заполнен взрывоопасными минами.