Впрочем, роковые изменения происходят и в Наркомпросе. В 1929 году со своего поста наркома просвещения снимается А.В. Луначарский, ослабевает влияние Н.К. Крупской, и к осени 1929 года прекращается систематическая деятельность НПС ГУСа. В образовании окончательно и бесповоротно утверждается классовый подход, воинствующий атеизм, приоритет общественного над индивидуальным. Самое главное, что прекращаются какие-либо дискуссии. Фаусек ощущает это на себе весной 1930 года. Чтобы стимулировать создание советского дидактического материала, Таубман принимает решение убрать из групп материал Монтессори, снять табличку с ее именем.
Юлия Ивановна вынуждена уйти и практически стать безработной. Вспоминая то время, Фаусек пишет: «Приходилось зарабатывать чем попало. Я вязала шапки, шила и ушивала белье, изготовляла дидактический материал для детских садов и первого класса школы». Но она не сдается. Пишет в стол, а в конце тридцатых возвращается к преподавательской работе и издает последнюю свою книгу «Самостоятельные занятия учащихся I–IV классов школы». В ней она почти не ссылается на Монтессори, но эта работа пронизана идеями итальянского педагога, которые так глубоко впитала Фаусек.
Ю.И. Фаусек погибнет от голода в блокадном Ленинграде, ее похоронят в братской могиле.
Значение наследия Юлии Ивановны Фаусек в полной мере становится понятным только сегодня. Она оказалась чуть ли не единственной из советских педагогов, кто не стал приспосабливать заимствованные на Западе педагогические системы к новой политической действительности. Ведь и метод проектов, и Дальтон-план, активно применяемые в двадцатые годы прошлого века, под тяжестью политических переработок практически превратились в свою противоположность. Советская политическая машина пережевала их, даже не заметив. Судьба Фаусек стала иллюстрацией этого процесса. Тем ценнее, что Юлия Ивановна не только не сломалась, а свято верила в правильность своего дела. Свидетельство тому – сохраненные в ее архиве рукописи и ее последняя книга. Все, что успела написать Фаусек, доказывает простую истину, которую уже признала значительная часть цивилизованного мира. Она в том, что система М. Монтессори универсальна и требует минимальной социо-культурной адаптации, если общество готово принять ребенка как равноправного человека, но развивающегося и этим не похожего на взрослого. К сожалению, это становится главным ограничителем для распространения педагогики М. Монтессори в мире. Ее гуманистическая идеология может быть принята только демократическим обществом. Не случайно в Россию педагогика Монтессори вернулась только в начале девяностых годов прошлого века. Тогда-то и выявилась вся актуальность работ Юлии Фаусек. Ее наследие можно оценивать в двух ракурсах, соотнося его со временем жизни самой Юлии Ивановны и с современным состоянием педагогики Марии Монтессори. Такой анализ позволяет констатировать, что, как добросовестный исследователь, Юлия Ивановна фактически перепроверяет все положения педагогики Монтессори и находит подтверждение их правильности. В ее заметках изобилие примеров из педагогической практики, и она подтверждает каждую свою мысль ссылкой из наблюдений за детьми. В методическом плане наибольший интерес представляют ее разработки, связанные с материалом для развития речи и обучения грамоте. Некоторые ее находки выглядят оригинальными до сих пор. Многие из них опираются на разработки русских педагогов. Прежде всего Л.Н. Толстого и К.Д. Ушинского, чьи подходы по ряду вопросов близки подходам М. Монтессори.