Нуждаясь в деньгах для войны с Москвой, Жигимонт задумал в фискальных интересах централизовать власть над евреями и в 1514 году назначил генеральным старшиной всех евреев Великого княжества Литовского таможенного откупщика Михеля Езефовича.
В первой четверти XVI века наиболее цветущие еврейские общины были в Бресте, Гродно и Пинске.
В 1551 году белорусские евреи получили право избрания раввинов. Интересно, что раввин Бреста Мендель Франк титуловался «королевским чиновником», а еврей Шлоймо Израилович был назначен депутатом при Виленском воеводстве. Наиболее знатные евреи в официальных документах обычно титуловались «панами». Подобно шляхтичам, они носили при себе сабли и в случае необходимости всегда готовы были действовать ими.
В то же время Статут 1529 года запрещал евреям иметь невольников, а Статут 1566 года определял одежду, которую обязаны носить евреи. В частности, они не должны были носить дорогие платья с золотыми цепями. «Пусть носят они желтые шляпы или шапки, а жены их - повойники из желтого полотна, чтобы всякий мог отличить еврея от христианина».
В период с 1569 по 1667 год возникли новые еврейские поселения: Пуховичи, Малеч, Могильно, Слуцк, Смоляны, Брагин, Высоко-Литовск, Копыль, Коссово, Лида, Несвиж, Раков, Радунь, Ружаны, Селец, Словатичи, Сморгонь, Тимковичи, Туров, Гомель, Горки, Копысь, Койданово, Логишин, Любеч, Мозырь, Ошмяны, Речица, Старо-Быхов, Чериков, Узда, Чаусы, Чечерск, Шилов, Зельва.
Высшим органом еврейского самоуправления являлись Ваады – съезды раввинов и кагальных представителей. Ваад коронных, или польских, евреев существовал с 1580 по 1764 год, еврейские общины Белоруссии объединялись в составе т. н. «Литовского Ваада», сотрудничавшего с существовавшим в Польше Ваадом Четырех Земель. В 1623 году в Брест-Литовске собрался первый Ваад белорусских и литовских общин, маршалком (председателем) которого до самой своей смерти состоял брестский раввин Меир Валь, сын легендарного польского «короля» Шауля (Саула) Валя.
В 1654 году началась война между Москвой и Речью Посполитой, принесшая белорусским евреям неисчислимые бедствия. Их снова грабили, убивали и изгоняли из городов, завоеванных русской армией. В 1648 году на Украине началось восстание казаков под командованием Зиновия-Богдана Хмельницкого. Десятки цветущих еврейских общин на Украине были разгромлены, тысячи беженцев хлынули в белорусские и литовские местечки. Однако вскоре восстание охватило часть Белоруссии и Литвы. От рук казаков погибло более 2 тыс. евреев Гомеля. «Огнем и мечом» казаки разорили пинскую еврейскую общину и весь Пинский округ.