Будучи искренне верующим, Альфред вложил немало средств в восстановление разрушенных викингами храмов и монастырей. С юности он часто молился и, услышав о каком-либо святом месте, обязательно стремился посетить его. Помимо богобоязненности для этого была и другая причина — король надеялся найти исцеление от некоей тяжкой болезни (возможно, эпилепсии), которая донимала его с юных лет. Ассер сообщает, что приступы этой болезни возобновились у Альфреда сразу после женитьбы и мучили его до сорока лет. Они прекратились только после того, как король совершил паломничество к часовне Святого Неота в Корнуолле. Повествуя об этом, Ассер исподволь доказывал преимущество кельтских святых над англосаксонскими. Несомненно, однако, что король не отличался хорошим здоровьем, хотя болезни никогда не вынуждали его забыть про дела. Король был необычайно деятелен для своего неторопливого времени. Его день делился на три равных части: одна посвящалась молитве, чтению и письму, другая — правосудию, а третья — сну, еде и прогулкам. К обычным забавам знати — охоте и пирам — король оставался равнодушен, то ли из благочестия, то ли по причине упомянутой болезни.
В 893 году скандинавы снова обрушились на Англию. Флот прославленного вождя викингов Хастинга, изгнанный из Германии королем Арнульфом, поднялся вверх по Темзе, разоряя все на своем пути. К тому времени крестник Альфреда Гутрум скончался, и скандинавы Восточной Англии, забыв про свои клятвы, присоединились к нападавшим. Борьба с ними заняла несколько лет. Эскадра Хастинга была разбита Этельредом Мерсийским у Баттингтона и вернулась в Эссекс. Тем временем другой флот нортумбрийских датчан высадился в Уэссексе, и Альфреду пришлось двинуться туда, чтобы защитить Эксетер. Часть скандинавов смогла закрепиться в Честере и весной 895-го снова напала на владения короля. Ход событий в течение следующих трех лет известен мало. Хроники говорят о многочисленных сражениях на суше и на море; похоже, война в этот период охватила почти всю Англию. Однако положение теперь было в корне иным, чем в начале скандинавских набегов. Жители уже не проявляли паники и растерянности; они чувствовали себя гражданами сильного государства, способного защитить их. Жители многих городов и деревень, включая Лондон, отважно вступали в бой с датчанами и не раз обращали их в бегство.
К лету 897 года силы захватчиков иссякли. Английская армия стояла у стен Йорка, многие морские пираты бежали в Скандинавию или искали убежища в Восточной Англии. Военные действия на суше прекратились, но на этот раз Альфред не стал заключать мир — события прошедших лет показали, что на клятвы викингов полагаться нельзя. Флот короля еще долго охотился за отдельными кораблями врагов, по очереди захватывая их и вешая команду на мачтах. Приказ об этом отдал сам король, и это было единственное известное нам проявление жестокости с его стороны. До этого он всегда миловал пленных и даже велел отослать к отцу двух сыновей Хастинга, после того как тот вероломно нарушил договор. Очевидно, теперь король решил, что только насилие может образумить пиратов, и оказался прав — вплоть до его смерти набеги не возобновлялись.