В октябре 1918 года ВЧК арестовала группу военспецов Морского штаба, среди которых оказались начальник морской регистрационной службы Левицкий, его помощник Сыробоярский, начальник морского Военконтроля Абрамович и ряд других лиц.
2 сентября 1918 года ВЦИК объявил страну единым военным лагерем. Высший Военный совет упразднялся, а его штаб стал называться Штабом Революционного Военного совета Республики (РВСР). Главкомом всех Вооруженных Сил Советской республики был утвержден И. И. Вацетис. В начале сентября руководители Оперода С. И. Аралов и М. Г. Тракман направили в РВСР проекты «Декрета о борьбе со шпионажем и о правах и обязанностях работников Военного контроля» и «Положение о военной контрразведке». Это был, по существу, первый нормативный акт, регламентирующий оперативную работу военных чекистов. Потом была череда притирок органов военной контрразведки под конкретную военно-политическую обстановку в стране.
И только 19 декабря 1918 года состоялось заседание бюро ЦК ВКП(б), на котором председательствовал В. И. Ленин, как глава СНК. На нем был заслушан вопрос об объединении деятельности ВЧК и Военного контроля. Бюро рекомендовало назначить заведующим Военным контролем М. С. Кедрова.
В ночь с 26 на 27 декабря 1918 года на заседании с участием Л. Д. Троцкого, И. И. Вацетиса, С. И. Аралова и Ф. В. Костяева – начальника Полевого штаба, было принято решение о назначении Кедрова начальником Особого отдела.
4 января 1919 года М. С. Кедров издал приказ № 1 по Особому отделу о немедленном слиянии на фронте и в округах органов Военного контроля и Чрезвычайных комиссий с новым названием – Особые отделы.
В инструкции Особого отдела ВЧК от 24 января 1919 года говорилось, что главные задачи для них сводятся к «обнаружению, обследованию и пресечению деятельности контрреволюционных и шпионских организаций» в РККА.
3 февраля 1919 года Ф. Э. Дзержинский рассмотрел разработанное М. И. Лацисом и М. С. Кедровым и утвержденное членами Президиума ВЧК «Положение об Особом отделе при ВЧК и его местных органах».
Для ликвидации параллелизма в работе в январе 1921 года на базе Особого, Секретного, Оперативного, Информационного и Иностранного отделов было создано Секретно-оперативное управление (СОУ) ВЧК. На него была возложена задача руководства по борьбе с политическим и военным шпионажем в масштабах всей страны. Во главе СОУ был поставлен В. Р. Менжинский.
Шло время, менялись вывески на фасаде органов госбезопасности СССР – ВЧК, ГПУ, ОГПУ, НКВД, но Особый отдел, как символ и название военной контрразведки, оставался неизменным. Отсюда емкое слово «особисты» обрело историческое звучание.