С началом войны Коммунистическая партия и Советское правительство приняли ряд эффективных мер по перестройке органов государственной безопасности применительно к условиям военного времени.
Советские органы разведки и контрразведки, перестраивая работу на военный лад, сосредоточили свою деятельность в основном на трех направлениях: на борьбе с подрывной деятельностью немецко-фашистской разведки на фронте, на выявлении и ликвидации вражеских агентов в тыловых районах Советского Союза, на проведении разведывательно-диверсионной деятельности в тылу врага.
Розыск вражеских лазутчиков и их обезвреживание явились одной из основных задач военной контрразведки и территориальных органов государственной безопасности. В этих целях использовались такие меры, как организация системы заградительной службы на линии фронта и в прифронтовой полосе, создание оперативных поисковых и розыскных групп, привлечение к работе по выявлению агентов противника военнослужащих и гражданского населения, и ряд других мероприятий. Выявлению вражеских агентов способствовали тщательная проверка документов и выяснение обстоятельств нахождения советских граждан в окружении или в плену, использование показаний уже разоблаченных или явившихся с повинной агентов, прочесывание мест, в которые могла быть произведена заброска парашютистов. Как правило, агентов противника разоблачали до того, как они приступали к выполнению полученного задания.
Для охраны тыла и соблюдения военного режима в прифронтовой полосе создавались истребительные батальоны, действовавшие под оперативным руководством органов государственной безопасности. Истребительные батальоны задержали или уничтожили тысячи вражеских парашютистов, шпионов и диверсантов.
Органы военной контрразведки провели большую работу по дезинформации противника, введению его в заблуждение относительно военных планов советского командования Это вносило дезорганизацию в действия противника, заставляло фашистское командование тратить впустую много энергии и средств.
Советские чекисты участвовали непосредственно в боевых действиях. Неувядаемой славой покрыли себя герои-пограничники, принявшие на себя первые удары врага. Воины-чекисты принимали непосредственное участие в обороне городов-героев Москвы, Ленинграда, Сталинграда, Киева, Одессы и Севастополя. На подступах к Москве вели бой с рвавшимся к столице противником чекисты дивизии войск НКВД имени Ф. Э. Дзержинского. Навсегда останется в памяти народа героизм 22 чекистов-лыжников из Отдельной мотострелковой бригады особого назначения НКВД СССР, проявленный в бою за деревню Хлуднево.