По некоторым данным, за все время войны 1812 года население Москвы сократилось с 270 000 до 215 000 человек. По оценке историка начала ХХ века И. Катаева, пожар уничтожил:
– 6 496 из 9 151 жилого дома (включавших 6 584 деревянных и 2 567 каменных);
– 8 251 лавку/склад и т. п.;
– 122 из 329 храмов (без учета разграбленных).
Вместе с тем, опубликованные после пожара карты разоренной Москвы отчасти преувеличивают масштаб потерь. Так, на Большой Никитской улице (она была отмечена как полностью уничтоженная) сохранился ряд усадеб и французский театр, который охраняли французские войска. Также необходимо учитывать, что в городе оставалось достаточно строений для размещения французской армии на протяжении месяца (хотя многие ее части были распылены по окрестностям).
6 (18) сентября Наполеон вернулся в Кремль. Начались усиленные поиски поджигателей. До 400 горожан из низших сословий были расстреляны французским военно-полевым судом по подозрению в поджогах. Первые расстрелы прошли 12 (24) сентября.
Московский пожар произвел мрачное впечатление на французского императора. Как свидетельствуют очевидцы, он говорил: «Какое ужасное зрелище! Это они сами! Столько дворцов! Какое невероятное решение! Что за люди! Это скифы!».
Находясь в городе, Наполеон продолжал управлять своей империей: подписывал декреты, указы, назначения, перемещения, награды, увольнения чиновников и сановников. Именно в это время он подписал декрет о статусе главного театра Франции «Комеди Франсез», который так и называется «московским декретом». Наполеон также пытался повлиять на культурную жизнь занятой им Первопрестольной и возобновил спектакли местной французской труппы. Все это делалось для того, чтобы показать Европе и собственным солдатам, что война уже окончена, осталось лишь получить сообщение о мире от русского императора Александра.
Возвратившись в Кремль, Наполеон заявил, что принял решение остаться на зимних квартирах в Москве. При этом Наполеон считал, что город даже в его нынешнем состоянии дает больше приспособленных зданий, больше ресурсов и больше средств, чем всякое другое место. Исходя из этого, он приказал привести Кремль и монастыри, окружающие город, в пригодное для обороны состояние. Также была проведена рекогносцировка окрестностей с целью разработки системы обороны в зимнее время.
Кроме оборонных мероприятий налаживалось управление городом. Для этого был открыт орган самоуправления – Московский муниципалитет. Интендант Лессепс поручил местному купцу Дюлону подобрать его членов из числа оставшегося в городе мещанства и купечества. Но в течение 30 дней своей деятельности муниципалитет из 25 человек занимался прежде всего поиском продовольствия в окрестностях города, помощью неимущим, спасением горящих храмов. По сути, члены муниципалитета работали в нем подневольно, поэтому после ухода Наполеона из города практически никто из них не понес наказания за коллаборационизм.