Вместе с тем 1 июля Наполеон подписал указ об образовании Временного правительства Великого княжества Литовского. Официально оно называлось Комиссия временного правительства, и его власть распространялась на Виленскую, Гродненскую, Минскую губернии и Белостоцкую область с территорией 9 808 квадратных километров. По сути, Бонапарт проигнорировал просьбы польского сейма присоединить новое «государственное образование» к Варшавскому герцогству. Необходимо указать, что учреждая Литовское княжество (именно так принято называть созданное государство), французский император стремился, прежде всего, привлечь на свою сторону местную шляхту, заручиться ее поддержкой в организации снабжения Великой армии и обеспечении порядка в ее тылу. Некоторые современные российские историки указывают, что при этом Наполеон замышлял на будущее начать мирные переговоры с императором Александром I и именно поэтому уклонился от выполнения просьбы польского сейма о возрождении Речи Посполитой в границах 1772 г., однако обещал присоединение значительных территорий. Но, на самом деле, решающую роль (не в пользу поляков) сыграли его договоренности с Австрией: «Вся трудность политики Наполеона, – писал этнограф конца XIX – начала ХХ в. Федот Кудринский, – по отношению к Польше, заключалась в том, чтобы согласовать ее интересы с интересами Австрии, с двором которой Наполеон был в дружбе и даже родстве».
Отныне у Литвы опять были теперь свои государственные границы, свое «временное» правительство, свои вооруженные силы и качественно новое административное и местное устройство. Однако при этом возник вопрос разграничения власти, ведь управление Российской империи закончилось с отступлением армии, а Наполеон объявил себя лишь «протектором» княжества, а не его сувереном (на последнее не имелось формальных оснований). При этом ни в вышеуказанном провозглашении, ни в актах любого отдельного города или уезда Литвы не упоминалось о прекращении подданства российскому престолу.
В учрежденное в Литве Временное правительство вошли представители из числа местной знати. Оно должно было осуществлять власть в тесной связи с французской оккупационной администрацией. Но и с юридической, и с фактической точек зрения они обладали больше административной, чем политической властью. Одна из местных литовских газет сообщала, что Комиссия Временного правительства была учреждена Наполеоном после ухода российских чиновников, «чтобы охранить страну от гибели и беспорядков и сделать по городам запасы продовольствия для войск».