Позже, осознав массовость поддержки французов со стороны местного населения, император Александр, в день своего рождения 24 декабря, объявил о всеобщей амнистии в Литве. По сути, она относилась к тем, кто сотрудничал с наполеоновской армией и принимал участие в управлении регионами после отступления российской армии. Также такая позиция была обусловлена низким процентом собственно русского населения в этих регионах. Иначе обстояло дело на других территориях (на запад от Балтии): следствие и суд по делу «о бывших в разных должностях у неприятеля чиновниках» продолжалось до 30 августа 1814 г. К этому времени многие из лиц, находящихся под следствием, либо умерли, либо покончили жизнь самоубийством.
Следует указать, что Комиссию Временного правительства поддерживало определенное количество местных помещиков, городской буржуазии, шляхетской молодежи, интеллигенции, но отнюдь не их большинство (об отношении поляков к французам писалось выше). Но ввиду ряда факторов (нехватка времени и средств, недостаток профессионализма у новых чиновников, противоречия с представителями французской и местной администрации), она не смогла развернуть в полном объеме деятельность по возрождению прежней государственности Великого княжества Литовского.
20 ноября 1812 г. конфедерация издала свое последнее постановление о созыве всеобщего ополчения, поскольку теперь, «вместе с чрезвычайными событиями войны, явилась необходимость обеспечить безопасность отечества – честь народа, наш долг и общая клятва того требуют. Дворяне поляки! на коней; к оружию. Вопрос идет о жизни и смерти, о судьбах наших потомков… Собирайтесь же по областям и уездам под знамена… Вас ожидают щедрые дары благодарного отечества… Говорим вам это от имени той же дорогой родины, во имя которой требуем от вас помощи. Собирайтесь скорее!»…
В это же время закончила свою деятельность Комиссия Временного правительства Великого княжества Литовского. В начале декабря, когда в Вильно начали прибывать остатки наполеоновской армии, ее члены стали готовить архивы к эвакуации и отошли вместе с французами на Ковно. 21 декабря 1812 г. Комиссия собралась на свое заседание в Варшаве и приняла решение перейти под опеку Генеральной конфедерации. В результате, в феврале 1813 г. она вместе с советом Генеральной конфедерации и правительством Герцогства Варшавского перебралась в Краков, где находилась до 30 апреля, оттуда переехала в Дрезден. Здесь 27 июля 1813 г. были разделены между членами литовского правительства остатки казны (790 наполеондоров, 1 514 голландских дукатов, 125 пятифранковых монет). Через несколько дней (30 июля) Комиссия объявила о своем роспуске.