Организация двустороннего радиообмена в воздухе позволила значительно улучшить тактическое использование истребителей Р-39. Теперь любой летчик, а не только командир мог или сам предупредить товарища об опасности, или его могли вовремя предостеречь. И это тоже стало важным тактическим приобретением.
Однако справедливости ради стоит отметить, что и «Аэрокобра» не была лишена существенных недостатков. И многие из них были связаны именно с конструкцией и расположением мотора позади кабины летчика.
Крутящий момент от двигателя передавался на винт через вал, проходящий сквозь кабину летчика и всю носовую часть фюзеляжа. При проектировании вала главной задачей было обеспечение его безотказной работы на всех режимах полета и особенно при маневрировании с большими перегрузками. Так, расчет деформаций показал, что при выходе из пикирования изгиб носовой части фюзеляжа мог достигать 38 миллиметров! В результате совместных усилий фирмы «Белл» с моторостроителями все вопросы, связанные с работоспособностью вала, были решены.
Также на первых порах было много проблем с двигателем «Аллисон» V-1710, который часто перегревался, отказывал на посадке и даже в бою. Масло не было рассчитано на русские морозы, поэтому в холода смазка густела. Отмечались случаи поломок на морозе приводного вала, соединявшего двигатель и воздушный винт. Нередко сломанный вал протыкал маслобак и перебивал проводку системы управления. Часть проблем с двигателем удалось решить путем модернизации мотора, проведенной фирмой «Аллисон» по рекомендациям советских инженеров.
Необходимо отметить, что американские конструкторы, инженеры и рабочие с пониманием отнеслись к предложениям Советских ВВС по улучшению конструкции самолета. Специалисты фирмы «Белл», приезжая в Советский Союз, бывали в воинских частях, на месте изучали причины и обстоятельства аварий. Советские инженеры и пилоты, в свою очередь, были командированы в США, где они помогали фирме «Белл» проводить работы по совершенствованию истребителя Р-39. К доработке «Аэрокобры» был подключен и крупнейший центр советской авиационной науки – Центральный аэрогидродинамический институт имени Жуковского – ЦАГИ. Как оказалось, у истребителя Р-39 во время резкого маневрирования возникали необратимые деформации обшивки на хвостовой части фюзеляжа и оперении. Случались даже поломки лонжеронов стабилизатора, что приводило к авариям и катастрофам. В результате оперативно проведенных статических испытаний было установлено, что американские нормы прочности оказались несколько заниженными. На основании проведенных в ЦАГИ исследований специалисты Центральной научно-экспериментальной базы ВВС срочно разработали мероприятия по усилению конструкции поставляемых самолетов. Позднее, также совместно с ЦАГИ, были проведены работы по изучению плоского штопора – наиболее опасного из всех видов неуправляемого вращения, которому были особенно подвержены самолеты Р-39.