Сознаваясь в своей вине, царевич при первом же допросе откровенно высказал, что побег был совершен единственно из желания избавиться от угнетенного положения, от требований, которые были противны его природе, из видов охранения себе жизни; сознался даже и в том, что он не отказывался совершенно в душе своей от надежды правительствовать после смерти отца, во время малолетства брата; но далее этого преступление не шло. Оказывалось, не существовало никаких заговоров и интриг, не было даже непосредственных деятельных пособников к побегу. Только одно сколько-нибудь серьезное обвинение падало на личное, вероятно, не бескорыстное участие Александра Кикина, за несколько лет еще говорившего царевичу о побеге за границу, обещавшего отыскать ему там местечко, натолкнувшего потом на побег именно к цесарю, советовавшего не возвращаться из чужих краев, не склоняться ни на какое обещание («не езди, он тебе голову отсечет публично») и, наконец, так лукаво хитрившего замести все следы своего участия.
Кроме Александра Васильевича знали о решении царевича бежать еще двое: камердинер Иван Большой Афанасьев да заведующий хозяйственными делами царевича, Федор Дубровский — и то узнавшие только накануне отъезда. По показанию царевича, он даже свою Афросинью и людей, сопровождавших его в поездке, взял с собою обманом, сначала уверением, что берет их только до Риги, а потом объяснением, будто едет в Вену секретно по приказу государя для заключения альянсу против турка.
Из всех обвиняемых Александр Васильевич Кикин казался самым важным преступником, и на него по преимуществу упала вся тяжесть розыска. Первую пытку он вытерпел еще в Петербургском гарнизоне от личного своего врага князя Меншикова, потом тотчас по приезде в Москву, затем через три дня и, наконец, последнюю через десять дней, пятого марта. Каждый раз его поднимали на дыбу, резали, жгли, секли кнутом, давая то двадцать пять, то четыре, то девять ударов, допытываясь открытия каких-нибудь злых замыслов. На первом меншиковском допросе с вискою Александр Васильевич сознался в советах своих царевичу о пострижении и потом о побеге за границу, но отказался от слов о клобуке; на втором же допросе, произведенном самим царем в Преображенском застенке, он не только подтвердил прежнее показание, но еще дополнил его признанием в поездке своей в Вену для приискания местечка царевичу.
Но так как оба сознания были вынуждены пытками, то, отдохнув от них и обдумавшись, он потребовал к себе бумагу и чернил для изложения будто бы всей истины на письме. В этом письменном показании Александр Васильевич заговорил уже совсем другое, и советам своим царевичу уехать за границу он теперь придал значение, совершенно согласное с желаниями государя. «Надобно смотреть, с чем назад приехать, — будто говорил он царевичу, когда тот собирался в Карлсбад, — понеже государь изволит взыскивать дела, зачем он послан». А потом, по возвращении из Карлсбада, когда царевич высказывал, как полюбились ему тамошние места, он, Александр Васильевич, действительно заметил: «Ежели бы ты захотел, то бы и государь еще некоторое время велел быть, понеже то и ему было угодно, только бы недаром жить». Впоследствии же, увидев, что царевич воротился из чужих краев с тем, с чем и поехал, стал от него отдаляться и в его доме, до побега, был всего раза три или четыре. Бежать во Францию не советовал да и не мог советовать, так как «ни единого случая, ни малого для знаемости моей двора французского нет и прежде не бывало, а не ведая тамошнего состояния как же посылать и для чего же бы то делать»? Относительно совета о пострижении Александр Васильевич объяснил, что действительно на рассказ царевича о письме он говорил ему: «Отец ваш не хочет, чтоб вы были наследником одним именем, но самым делом», на что царевич будто бы высказал: «Кто же-де тому виноват, что меня таким родили? Правда, природным умом я не дурак, только труда никакого понести не могу». Когда же затем царевич спрашивал, что ему делать, то Александр Васильевич будто бы советовал постричься «понеже сам о себе говорит, что никаких дел понести не может», но о клобуке не говорил ни слова.