В 1587 году письменный голова Данила Чулков с 500 стрельцами и казаками Матвея Мещеряка севернее старой столицы Сибирского ханства Кашлык, на правом берегу Иртыша, при слиянии Тобола и Иртыша, двумя верстами ниже знаменитого Чувашского мыса, заложили город Тобольск, ставший надолго главным стратегическим пунктом в Сибири. В бою с воинами сибирского князя Сеид-Ахмата, при обороне Тобольска, погиб последний атаман дружины Ермака — Матвей Мещеряков. Попытка Сеид-Ахмата разгромить русских и восстановить Сибирское ханство провалилась. Началось систематическое освоение Западной Сибири.
Борьба с ханом Кучумом продолжалась и закончилась в 1598 году его полным поражением на реке Обь, нанесенным отрядом в 400 ратных людей и казаков под командой помощника воеводы Андрея Воейкова. По случаю победы над Кучумом в Москве был отслужен благодарственный молебен. К этому времени на престол вступил Борис Годунов, который также укреплял централизованную власть, опираясь на дворянство. Во внешней политике он уделял большое внимание освоению Сибири, отразил в 1591 году набег крымского хана Кази-Гирея на Москву. Беглый крепостной люд уходил теперь не только на юг, но и пополнял ряды вольных сибирских казаков.
Хан Кучум, лишившийся семьи, потерявший воинов и царство, больной и дряхлый, отклонил предложение добровольно покориться русскому царю и отправился в Бухару, где и был убит, так как давно стал обузой для бухарских покровителей, не желавших ссориться из-за него с русским царем.
Через 30 лет после покорения Сибири казаки вышли к Енисею. В 1618 году Петр Альбичев построил Енисейский острог, будущий город Енисейск, откуда русский землепроходец Пенда отправился в Мангазею. Он же в 1620 году с небольшим отрядом на стругах пошел вверх по течению Нижней Тунгуски, пройдя за три года новыми речными путями восемь тысяч километров. Пенда был первым русским исследователем Ангары.
Вокруг города Енисейска стали селиться крестьяне — переселенцы из России. Появился сибирский хлеб.
Прочно утвердившись на реке Енисее, казаки продолжили путь на Восток. В 1631 году воевода Дубенский заложил Красноярский острог, и к 1631 году возле него возникли русские поселения. Началась долгая борьба за освоение земель, заселенных бурятами и тунгусами.
Основой тактики казаков в то время была неожиданность. Во всех «наказных памятях» сказано: «безвестным тайным приходом войной смирить». Общим принципом тактики стало действие по обстоятельствам, т. е. исходя из сложившейся обстановки: «промышлять над ними мерами домышляючи». Малочисленность казачьих отрядов требовала экономии сил. Иногда они вели переговоры и добивались больших целей, чем если бы действовали силой, в другом случае внезапно нападали, действуя исключительно огнестрельным оружием в рассыпном строю. Сражались, как правило, пешими, иногда стреляли с коней, но случаи конной атаки в многочисленных «отписках» воевод не просматриваются. Редко рубились одиночные казаки верхом. Конный строй отсутствовал. Преследование бегущего врага велось почти всегда — но недалеко и неэнергично.