Столыпин и сам понимал, что Союз Русского Народа во многом прав. Но считал, что Союз уж слишком не гибок — слишком прямолинеен. Особенно в критике «жидовствующей» интеллигенции. Что не так с ней надо грубо обращаться. Бывший саратовский губернатор П.П. Стремоухое вспоминал, как Столыпин жаловался ему на одного из руководителей Союза Русского Народа иеромонаха Илиодора: «Ужасно то, что в исходных своих положениях Илиодор прав, жиды делают революцию, интеллигенция, как Панургово стадо, идет за ними, пресса также, но приемы, которыми он действует (подогревая откровенный антисемитизм — А.Б.), и его безнаказанность все губят и дают оппозиции полное основание говорить, что она права».
Илиодора Столыпин попытался приструнить, но тот обратился сразу с жалобой к Николаю Второму, и царь по воспоминаниям иеромонаха лишь пробормотал что-то вроде «ты… Вы… ты не трогай моих министров». Илиодор вышел от царя и произнес проповедь против Столыпина, играющего в поддавки с еврейским капиталом. Илиодор напирал на враждебность крупного капитала, находящегося в еврейских кругах, всему населению. Его активно поддержали соратники-черносотенцы.
В свою очередь Столыпин начал уже в открытую всячески третировать свою опору — Союз Русского Народа, стараясь не то, чтобы загнать его в подполье, но хоть умерить его влиятельность. Этим он сам себе рыл могилу. Но Столыпин пошел в разнос. Он «всячески через своих подчиненных поддерживал рознь в Союзе Русского Народа» (см. «Падение царского режима: Стенографические отчеты допросов и показаний, данных в 1917 г. в Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства», — М., — Л., 1924-27, т. 6). Доходило до абсурда. Черносотенцы, например, решили отпраздновать 200-летие Полтавской победы — торжественно вынести в Полтаве 750 знамен Союза Русского Народа. Полтавский губернатор докладывал Столыпину: «Почетный и действительный председатель Союза Русского Народа Дубровин подал мне лично письменную просьбу о разрешении всероссийского съезда Союза русского народа в г. Полтаве «9 июня текущего года при 10 000 делегатов». Правительство (Столыпин) однако «сочло необходимым запретить монархический съезд в Полтаве и существенно ограничить участие в торжествах черносотенных организаций».
Еще тревожнее и трагичнее обстояло дело с боевыми дружинами черносотенцев. Добившись «успокоения», Столыпин под напором «демократической общественности», то есть евреев, согласился разоружить и свою собственную единственную реальную силу против иудо-масонского терроризма. Проникшие во власть масоны давили на губернаторов, и те стали запрещать боевые организации Союза Русского Народа. Так было сначала в Одессе (кстати, с ведома Столыпина), Астрахани, Иркутске, потом в обеих столицах. Мало что «черные сотни» — то есть сам русский народ Столыпин разоружил. «Черносотенцам» порой не разрешалось устраивать даже благотворительные вечера, отказывалось в разрешении проводить собрания.