Большую часть полков ожидала незавидная участь — расформирование со сдачей самолётов на базы хранения, где скопились сотни боевых машин. МиГ-27 отгоняли на базы хранения в Липецке, Тамбове, Степи, Чебеньках, Славгороде и Талды-Кургане. Большинство самолётов имело изрядный запас ресурса, но на хранении они быстро утрачивали не только боеспособность, но и пригодность к полётам — с «живых» машин, сдававшихся на хранение с полным набором комплектующих, растаскивали агрегаты, предписанное регламентом обслуживание с периодическими проверками систем, газовкой двигателя и облётом проводить было некому и нечем (финансирования и топлива не хватало даже строевым частям). В некоторых полках не находилось керосина даже для перегона на хранение и самолёты просто бросали на окраинах аэродромов. Три десятка МиГ-27 из 88-го омапиб, освобождая стоянки, отволокли в тундру, где и оставили. Похожей была картина в Галёнках: стоявшие без присмотра МиГ-27 были разворованы и растащены охотниками за цветным металлом, ставшими настоящим проклятием для авиации. Кончина боевых машин была удручающей: техника на практически неохраняемых стоянках превращалась в металлолом, за гроши менявшийся на китайскую тушенку и ширпотреб.
Часть МиГ-27 разделывалась на металл «государственным» путём, вполне официально, удовлетворяя договорным лимитам, а затем и с целью экономии на хранении. Самолёты разбирали, резали, а то и уничтожали подрывом шнуровыми зарядами, для чего западные «партнёры» охотно предоставляли специальную технику и оборудование. П. С. Дейнекин в феврале 1993 г. сообщал: «В этом году мы поставили на хранение с последующей разделкой на драгметаллы и металлолом около 2 тысяч самолётов… В ближайшее время это произойдёт с самолётами МиГ-23, МиГ-27, Су-17». С этой целью часть баз резерва и хранения преобразовывалась в базы утилизации, ликвидации и разделки авиатехники, перемалывающие недавно ещё грозные машины.
Хватило нескольких лет, чтобы от когда-то внушительной силы остались крохи. Над прозябавшими без присмотра самолётами поработали погода и время: палящее солнце летом, дождь и снег зимой (чехлы растаскивались хозяйственным населением в первую очередь) быстро исчерпали ресурс по хранению, многие узлы поразила коррозия, годами не возобновлялась смазка, не говоря уже о разукомплектованности большинства машин (а запчасти для снятой с вооружения техники списывались в металлолом). Кое-где всё же удавалось избежать разрухи: на 322-м АРЗ оставшуюся четвёрку МиГ-27Д больше года сохраняли в боеготовом состоянии, изыскивая дефицитный керосин и каждый месяц поднимая в воздух, но осенью 1994 г. и они были сданы на базу хранения в Славгород. Не пустили «под нож» и машины, находившиеся на Львовском ремзаводе. Через некоторое время они пригодились — заинтересованность в поставках МиГ-27М высказала Шри-Ланка, куда вскоре и стали уходить «подновлённые» машины, прекрасно зарекомендовавшие там себя в боевой обстановке — непрекращающихся стычках с местными партизанскими формированиями «тигров освобождения». Сохранились МиГ-27М и Д и в ВВС Казахстана, созданных 7 мая 1992 г. 14 ноября 1996 г. при проходе на предельно малой высоте над аэродромом Талды-Кургана (переименованного к тому времени в Талдыкорган) потерпел катастрофу, столкнувшись с землёй, МиГ-27М, пилотируемый майором Ю. А. Щегольским.