Специфика предмета исследования социальных наук обусловливает возникновение отличных от естественно-научных методологических стандартов. Методу объяснения наук о природе, направленному на постижение законов развития изучаемого объекта на пути восхождения от частного к общему, противопоставляется метод понимания как непосредственного постижения духовной целостности жизни в ее индивидуальных проявлениях и ценностной обусловленности.
В социальных науках применяются две основные процедуры познания: объяснение и понимание (интерпретация). Объяснение – это процедура разъяснения сущности конкретного социального факта, подведение его под некоторое обобщение, закон (объяснение поступка человека осуществляется через приведение причин, мотивов, факторов, обусловивших такое поведение). Объяснение, как правило, имеет монологический характер, в нем участвует один человек, оно отвечает на вопрос: почему это так происходит? Объяснение чаще является функцией естественных наук, реже – социальных наук. Интерпретация (понимание) – это процедура истолкования смысла какого-то знака или текста. Интерпретация, как правило, имеет диалоговый характер, в диалоге участвуют несколько человек, она отвечает на вопрос: что это такое?
В. Дильтей противопоставляет объяснению природы понимание живой человеческой души. При этом формой понимания собственного внутреннего мира будет выступать интроспекция (самонаблюдение), а формой понимания чужого – эмпатия (вчувствование). Данная ориентация находит выражение в конкретных социальных науках. Так, в социологии она проявляется в разработке качественных методов исследования (кейс-стади, биографический метод, соучаствующее наблюдение, глубинное интервью и др.).
Рассматривая в качестве объекта исследования социальных и гуманитарных наук индивидуализированные явления культуры, Г. Риккерт в качестве метода наук о культуре называл идеографический (индивидуализирующий). Его сущность состоит в описании особенностей существенных исторических фактов, а не в их генерализации, построении общих понятий. Метод естествознания, в свою очередь, определяется как номотетический (генерализующий).
Неоднозначный характер соотношения методологических установок естественных и социальных наук отмечается Э. Гуссерлем. С одной стороны, природу можно изучать саму по себе как замкнутый мир, т. к. наука о природе может абстрагироваться от всего духовного и исследовать природу как таковую. Иная ситуация в науках о духе: духовное и телесное связаны, поэтому специалист в любой сфере наук о духе всегда обращается к биологическим феноменам; для исследователя они значимы не как явление объективного мира, а как субъективная картина мира. Подстраивать под науки о духе, желая сделать их якобы точными, естественно-научный фундамент, абсурдно, считает Э. Гуссерль.