Чрезмерная централизация командования внутри армии, флота и в Ставке также часто приводила к серьёзным порокам в ведении операций, вплоть до потери управления войсками. Зачастую Императорская Ставка пыталась управлять, не зная обстановки, не считаясь с мнением тех, кто на местах знал положение дел и выступал с разумными советами. Вместе с тем, оказавшись перед лицом не предвиденных Ставкой обстоятельств, подавляющее большинство генералов и высших офицеров терялось, не знало, что делать. Всё движение Японии по пути войны поэтому напоминало суету муравьёв вокруг добычи: каждый муравей тянет её в свою сторону, но добыча-то всегда движется только к входу в муравейник. А это общее движение Японии определялось той главной целью, что лежала между всеми кампаниями, завоеваниями, победами и неудачами, – нападением на Россию, войной с Россией, покорением Сибири. Убеждение в том, что «как только мы разделаемся с остальными врагами, мы возьмёмся за Россию», никогда и никуда не пропадало. Ведь при всех играх с переменой мест слагаемых премьеров и министров, при всех перетасовках персонального состава Ставки, самой Ставкой неизменно продолжала руководить «императорская гвардия» – выходцы из Квантунской армии, её выдвиженцы, клиенты и клевреты.
При подготовке большой войны в Азии и на Тихом океане Япония не могла не считаться с тем, что у неё нет шансов выдержать длительное военное соперничество ни с Советским Союзом, ни с США, ни с Великобританией. Неслучайно поэтому и Императорская Ставка, и правительство Японской Империи в своих военных планах особо подчёркивали необходимость краткосрочных действий, молниеносной войны. По японским планам, война против США, Англии и других держав должна была быть завершена в течение 2–3 недель (с первой декады декабря 1941 г. до начала 1942 г.), война против СССР – с первой декады сентября до наступления холодов. Наиболее трезвомыслящие генералы и адмиралы полагали, что потребуются более длительные сроки (по мнению адмирала Ямамото, 6-12 месяцев), но и они исходили из того, что скоротечность войны – важнейшее условие победы.
Готовясь одновременно к ведению военных действий на Севере и на Юге, островная Япония уделяла больше внимания будущей войне на море, нежели на суше. Однако в подготовке к морской войне японское политическое и военное руководство оказалось не в состоянии правильно оценить закономерный ход развития сил и средств вооружённой борьбы и, как следствие, выбрать эффективные способы ведения военных действий. В борьбе за владение морем японские адмиралы делали ставку на пресловутое «генеральное сражение флотов», в котором главную роль должны будут играть линейные силы. Япония тянулась за сильнейшими морскими державами, стремясь любой ценой обогнать их в строительстве линейных сил. В течение всех межвоенных лет линкоры и тяжёлые крейсера «съедали» большую часть военно-морского бюджета, не оставляя средств на строительство и развитие других классов кораблей. Япония сумела добиться к 1941 г. создания мощных линейных сил, однако они не только не обеспечили японцам господства на море, но и вообще не сыграли сколь-нибудь значительной роли в ходе военных действий. В наступательных и оборонительных операциях на Тихом океане линкоры и тяжёлые крейсера заняли место обеспечивающих вспомогательных сил и даже в этих целях использовались крайне осторожно. В ходе войны в центре внимания оказались подводные силы, силы вторжения и морская авиация. А здесь изначально были сильнее американцы.