Первым усомнился в подлинности «Рукописи профессора Дабелова» историк Н.П. Лихачев. 19 марта 1893 года, выступая с докладом в Обществе любителей древней письменности о библиотеке московских царей, он обратил особое внимание на «странную забывчивость Дабелова» насчет «Записки анонима». Подозрительным выглядело то обстоятельство, что Дабелов, имея в своих руках список, так и не предал огласке его полное содержание, да к тому же ухитрился потерять оригинал, что для столь опытного архивиста было совсем уж непростительным.
В книге, вышедшей в 1895 году, Лихачев подробно разобрал «Рукопись профессора Дабелова». Он особо подчеркнул факты, ставящие под сомнения ее достоверность. Особенно подозрительным и невероятным было то, что перечень сочинений и авторов, имевшихся, согласно «Рукописи профессора Дабелова», в библиотеке московских царей, удивительно совпадал с тем, что стало известно об этих сочинениях и авторах в зарубежной научной литературе в 1822–1826 годах. Дабелов тщательно скопировал перечень книг библиотеки, вплоть до указания многоточием непрочитанных слов и даже отдельных букв оригинала, но при этом не стал копировать начало рассказа неизвестного дерптского пастора и даже ухитрился забыть его имя. Впоследствии Добелов лишь утверждал, что этот пастор был не Веттерман. «Самая забывчивость Дабелова относительно имени пастора, – заключал Лихачев, – с скептической точки зрения объясняется сложностью человека, знакомого, с какой тщательностью немцы разрабатывают свою историю: у немцев и пасторы XVI столетия могли оказаться на счету». Очевидно, Дабелов вообще сомневался, что пастор Веттерман существовал в действительности, подозревая, что Ниенштедт его просто выдумал. Создавая свою подделку, Дабелов, безусловно, ориентировался на сообщение Ниенштедта, но придумать новое имя пастора не рискнул.
Критику сообщений Дабелова и Клоссиуса относительно библиотеки Ивана Грозного продолжил известный русский историк Сергей Алексеевич Белокуров
Критику сообщений Дабелова и Клоссиуса насчет библиотеки Ивана Грозного продолжил известный русский историк Сергей Алексеевич Белокуров. Он обратил внимание на то, что из «Записки анонима» абсолютно не ясно, о библиотеке какого московского царя в ней идет речь. «Записка» написана таким образом, что упоминаемый в ней царь может быть отнесен не только к XVI, но даже к XVIII веку. Таким образом автор записки страховался от возможной научной критики. Во-первых, в этом случае поиски пастора, будто бы составившего записку, теряли смысл. Во-вторых, в случае, если бы лингвистический анализ выявил бы в записке какие-либо анахронизмы по отношению, например, к XVI веку, всегда можно было бы возразить, что опись могла быть написана в XVII или даже в начале XVIII века. «Весьма странно» показалось Белокурову также и то, что не сохранился ни один из сделанных дерптским пастором переводов, о которых ни слова нет в известных источниках. Наконец, отметил Белокуров, «вселяет недоверие к рассказу» анонима тот факт, что в опись попали только редкие и известные по упоминаниям в источниках начала XIX века рукописи, хотя в царской библиотеке наверняка должны были быть и самые обыкновенные книги, в том числе богослужебные. По убеждению Белокурова, фальсификатор «Рукописи профессора Дабелова» положил в ее основу известие Веттермана, впервые опубликованное в труде историка И.Г. Арндта в середине XVIII века. Значит, подделка никак не могла быть изготовлена раньше этого времени.