Начальное образование Гевара получил дома, преимущественно от матери. С ранних лет у него проявлялись наклонности к чтению литературы. С большим увлечением Эрнесто читал работы Маркса, Энгельса и Фрейда, в изобилии имевшихся в библиотеке отца; возможно, что некоторые из них он изучил еще до своего поступления в Кордовский государственный колледж. Во время обучения в колледже его способности проявлялись только в литературе и спортивных дисциплинах.
В этот период юности глубочайшее впечатление на Эрнесто произвели испанские эмигранты, бежавшие в Аргентину от франкистских репрессий в ходе гражданской войны в Испании, а также непрерывная череда грязных политических кризисов в родной стране, апофеозом которой стало установление «левофашистской» диктатуры Хуана Перона, к которому семья Гевары относилась крайне враждебно.
Подобного рода события и влияния, на всю оставшуюся жизнь утвердили в юноше презрение к пантомиме парламентской демократии, ненависть к военным политикам-диктаторам и армии как средству достижения их грязных целей, к капиталистической олигархии, но более всего — к американскому империализму, готовому пойти на любое преступление ради выгоды в долларовом эквиваленте.
Хотя родители Эрнесто, в первую очередь мать, были активными участниками анти-пероновских выступлений, сам он не принимал участия в студенческих революционных движениях и вообще мало интересовался политикой во время учебы в университете Буэнос-Айреса.
Эрнесто поступил туда в 1947 году, когда ему предсказывали блестящую карьеру инженера, решив стать медиком, чтобы облегчать страдания другим людям, поскольку облегчить свои он был не в состоянии. Вначале он интересовался в первую очередь заболеваниями дыхательных путей, что было ему ближе всего лично, но впоследствии увлекся изучением одного из самых страшных бичей человечества — проказой, или по научному лепрой.
Таким образом, в юности Гевару, более интересовало избавление людей от физических, нежели духовных страданий. К осознанию первичности страданий духовных он пришел несколько позже.
В конце 1948-го Эрнесто решает отправиться в первое свое большое путешествие по северным провинциям Аргентины на велосипеде. В течение этого путешествия он в первую очередь стремился завести знакомства и побольше узнать о жизни в беднейших слоях населения и остатках индийских племен, обреченных на вымирание при тогдашнем политическом режиме.
Именно с той поездки он начал понимать свое бессилие как медика при лечении болезней всего общества, в котором он жил.
Спустя три года, после сдачи предпоследних университетских экзаменов, Гевара вместе с другом Гранадосом отправился в более серьезную поездку, зарабатывая на жизнь подсобными работами в местах, которые проезжал; посетил он тогда южную Аргентину, Чили, где встретился с Сальвадором Альенде, Перу, там работал несколько недель в лепрозории города Сан-Пабло, а также Колумбию, Венесуэлу и Флориду.