Натурально, этой реформой воспользовались и враги Никона, чтобы поселить в народе недоверие и неприязнь к властолюбивому патриарху, посягавшему якобы на чистоту православной веры и на те книги, по которым молились и спасались отцы и деды и многие праведной жизни люди сделались святыми Божьими угодниками. Общее неразвитие и необразованность довершили дело, начатое из неприязни к Никону, и реформа если и принесла пользу, то и вреда немало сделала на Руси, поселив религиозную вражду в населении и подорвав во многих уважение не только к господствующей вере, но и к царскому правительству, поддерживавшему «еретическое новшество».
Притеснения и преследования в дальнейшем всех нежелавших принять новые книги еще более озлобили их, а религиозная борьба правительства с расколом породила массу сект, из которых многие обратились прямо во вредные для государства и населения.
На почве раскола произошло и знаменитое Соловецкое возмущение в 1668 году. «Новой веры и учения не принимаем, — ответили монахи приехавшему увещать их архимандриту, — держим предание Св. чудотворцев, и за их предание хотим все помереть». Дело дошло до того, что перестали поминать государя, и тогда послано было войско, которое и подавило бунт.
К этим неурядицам присоединился еще бунт казаков на низовьях Волги и Дона. Причиной бунта был большой голод на Дону, где скопилась масса беглых боярских людей и крестьян; старшины старых донских казаков не сочувствовали этой толпе, почти что гнали ее от себя, и вот эти-то люди, ища себе выхода, объединились под предводительством донского казака Стеньки Разина. Начав сперва в 1667 году с грабежей персидских судов на Каспийском море, он в следующем году перенес свои действия на Волгу, овладел Астраханью, Саратовом и Самарой и только под Симбирском потерпел неудачу. Однако царские воеводы, посылаемые против Разина, не в силах были сразу потушить мятеж, и только в 1676 году удалось изловить и казнить разбойного атамана.
Но неблагоприятно сложившиеся внутренние события не помешали правительству царя Алексея довольно удачно разрешить внешние дела и укрепить как государственную безопасность, так и солидное значение России в ряду прочих европейских и других соседних государств. Внешние войны начались борьбою с Польшей за Малороссию. Уже давно эта страна, населенная главным образом казаками, находилась под властью Польши, которая сильно угнетала хотя и родственное по племени, но чуждое ей по вере население.
Поэтому, когда появился сильный духом человек, пылавший ненавистью к поработителям и поднявший восстание под предлогом защиты веры православной, вся Украина, как звалась Малороссия, взволновалась и пошла за ним.