Богдан Хмельницкий, как звали этого человека, заключил союз с крымским ханом и повел против Польши настоящую войну. Первоначальные успехи 1648 года осложнились позднее неудачами, и у Малой Руси и Хмельницкого явился вопрос о необходимости подчиниться какому-нибудь государству на выгодных условиях, дабы иметь защиту более крепкую, чем только своя казачья удаль. На раде казацкой в Переяславле Хмельницкий предложил сделать выбор между турецким султаном, крымским ханом, королем польским и единоверным царем московским, «Православный христианский царь восточный одного с нами благочестия; кроме его царской руки мы не найдем лучшего пристанища», «Волим, под царя восточного, царя православного», — порешила рада и принесла присягу царю Московскому. Алексей Михайлович принял подданство Малороссии в 1654 году и тотчас начал за нее войну с Польшей. Успех был полный, тем более, что на Польшу одновременно напал шведский король и тоже не без успеха. Но царь Алексей Михайлович крайне был недоволен вмешательством Швеции и видел в ней не столько союзника, сколько будущего сильного и опасного соседа, стремящегося завладеть важной для России Литвой и отдалявшего ее окончательно от Балтийского моря. В силу этих обстоятельств с Польшей был заключен мир, а русское оружие было направлено уже против Швеции, и в 1656 году сам царь двинулся в поход к Ливонии. Война шла с переменным успехом и закончилась в 1661 году Кардисским миром, по которому все остались при своем. Тем временем умер Богдан Хмельницкий и начавшиеся смуты на Украине грозили переходом Малороссии вновь под польское владычество. Пришлось снова начать войну с поляками, которая уже не была так удачна, как первая. В 1667 году она была закончена Андрусовским миром, по которому за Москвой остались Смоленск, Северская земля и Малороссия, но уже не полностью, а только часть ее по левую сторону Днепра. Затем в конце царствования Алексея Михайловича московские войска постепенно начали утверждаться и в западной части Малороссии, но в это время царь скончался 29 января 1676 года и благословил на царство старшего своего сына Феодора 14 лет. Царь был женат два раза: первый раз, как уже указывалось, на Милославской, а второй, с 1671 года, на Наталье Кирилловне Нарышкиной, от которой родился Великий Петр. Всего же у Алексея Михайловича было от первого брака 2 сына и 6 дочерей и от второго 1 сын и 2 дочери, т. е. 11 человек детей.
В только что описанное царствование все сильнее и сильнее чувствовалась потребность в науке и в сближении с иностранцами. В силу этого вызваны были ученые монахи из Киева, где образование развилось на почве борьбы с католицизмом, главным образом по почину киевского митрополита Петра Могилы. В числе этих монахов прибыл известный Симеон Полоцкий, которому было вручено воспитание царских детей. В своих сочинениях он много высказывался за увеличение образования и между прочим сказал: «Обычай есть у людей подражать царю; все любят то, что ему любезно; благо тому царству, в котором царь приемлет благие нравы для исправления всех». Это уже было скрытой похвалой начинаниям царя. Наряду с монахами, поборниками развития образования, явились и некоторые светские люди, а именно бояре: Ртищев, основавший при одном из московских монастырей ученое братство с училищем, Ордын-Нашокин, основавший почты для заграничной переписки, издавший первую в России газету — «Куранты» (правда, только для правительства) и руководивший посольским приказом, и, наконец, Матвеев, устроивший дом свой на европейский лад, давший начало при дворе «комедийному делу», т. е. театру, и воспитавший в своем новоустроенном доме вторую жену царя Нарышкину, чем много способствовал проведению новшеств и при дворе.