Когда враг захватил в первые дни октября 1941 года Орел, а затем и Брянск, Емлютин возглавил оперативную группу, которой было поручено организовать партизанское движение. Начало было трудным. Столкнувшись с террором оккупантов, временными неудачами в первый период войны, многие растерялись, кое-кто поддался лживой пропаганде. Были и такие, кто считал партизанскую борьбу бесперспективной. Не обошлось и без прямого предательства.
Первый письменный отчет о работе в тылу Емлютин смог отправить в Центр лишь в мае 1942 года. Вот одна из радиограмм, посланных им на Большую землю Фирсанову, начальнику УНКВД в г. Ельце: «Кондрат Филиппович! Штурмом взяли 21 населенный пункт…За последние 10 дней уничтожено более трех тысяч фрицев, сбито три «Юнкерса-88». Сейчас провожаю товарищей к вам, а сам уезжаю на Южный фронт. У меня их четыре — Южный, Северо-Восточный, Западный и Северный. Положение за 20.05.1942 г. улучшилось, враг, не выдержав наших атак, отступил…С приветом, Ваш Д. Емлютин. Брянский лес. 18 час. 22.05.1942 г».
С получением рации установилась двусторонняя связь. В сентябре-ноябре чекисты побывали во всех головных отрядах Брянщины. Емлютин требовал не прятаться от народа в лесной чащобе, а наоборот, опираться на массы, вовлекать в борьбу все больше населения, разоблачать агентуру немцев, пропаганду оккупантов и их ставленников. В результате общих усилий к концу 1941 года в южном массиве Брянских лесов действовали значительные силы народных мстителей.
Вот лишь некоторые факты. В ноябре Брасовский партизанский отряд взорвал мехзавод и лесокомбинат. Их соседи-навлинцы разгромили отряд карателей, пустили под откос три эшелона. Дерзкая операция была проведена по захвату Суземки. Было осуществлено нападение на крупный районный центр Трубчевск, нападение на станцию Палужье. Объединенный отряд партизан напал на поселок Локоть. Был смертельно ранен его бургомистр Воскобойник, разгромлена местная полиция. Власть в этом районе перешла к Каминскому, который издал приказ о расстреле узников Локотьской тюрьмы. Каминский лично участвовал в садистских допросах и избиениях. Он не раз обагрил свои руки кровью советских людей. В 1943 году он бежал со своей РОНА на территорию Белоруссии и там пытался создать подобную Локотьской «структуру», уничтожая непокорные села, а местных жителей сжигая, заперев в сараях.
Немецкое командование было встревожено размахом партизанской борьбы на Брянщине.
В частности, было решено создать карательный полк «Десна». Железную дорогу охраняли 102-я и 108-я венгерские дивизии. Зону действия отрядов Емлютина наводнили разведывательно-карательные органы фашистов: «Абвергруппы» — 105, 107, 110, 209, 310, 307-я команды, зондерштабы. Они пытались внедрить свою агентуру в партизанские отряды.