Люшков, на первый взгляд, мог не опасаться, Леплевский находился в фаворе, и волна репрессий миновала его. Зато новый выдвиженец Сталина – начальник Главного управления госбезопасности (ГУГБ) НКВД СССР Михаил Фриновский, тесно связанный с Евдокимовым и много лет проработавший в «органах» на Северном Кавказе, не простил Люшкову разоблачений «чекистов-перерожденцев» в УНКВД по Азово-Черноморскому краю и начал копать под него. Вывел Люшкова из-под удара Фриновского сам Ежов. С ним он познакомился в Ленинграде во время работы по делу об убийстве Кирова. Тогда по поручению Сталина по линии партии Ежов курировал ход расследования, а Люшков с позиций органов вел оперативную разработку. В результате их «активной работы» свыше 20 тысяч питерских партийно-хозяйственных и чекистских кадров попали под репрессии. Ежов помнил об этом и, не желая столкновений Фриновского с Люшковым, «развел» их по дальним углам.
31 июля 1937 года Люшков получил назначение на должность начальника УНКВД по Дальневосточному краю, сменив на этом посту комиссара 1-го ранга Дерибаса. Приступив к работе, он всячески старался отвести от себя нависшую опасность и с учетом «ростовского опыта» рьяно взялся за «выкорчевывание» в партийных организациях края и органах госбезопасности «троцкистов», «зиновьевцев» и прочих «замаскировавшихся врагов».
Первыми, в ком Люшков распознал «врага», был не кто иной, как его предшественник Дерибас. Он оказался «главным организатором в крае «правотроцкисткого Дальневосточного центра». Выбить из Дерибаса нужные показания для команды костоломов Люшкова не составило большого труда. После чего оставалось только заполнить схему заговора исполнителями. Их долго искать не пришлось, все они были под рукой – заместители Дерибаса – Семен Западный и Иосиф Барминский; последнего попутно сделали «японским шпионом». «Заговорщики», естественно, действовали не в одиночку и «втянули в свою преступную деятельность перерожденцев-предателей» – начальников областных управлений НКВД Леонида Липовского, Сергея Сидорова, Александра Лавтакова и других. Волна репрессий докатилась до последнего опера.
Под руководством Люшкова очистка органов госбезопасности и партийного аппарата Дальневосточного края от «врагов народа» и «изменников» шла такими темпами, что лимиты на приговоры «троек» по «первой категории» – расстрел (2 000 человек) и «второй категории» – осуждение к длительным срокам (4 000 человек) были исчерпаны к октябрю 1937 года. В наркомате пошли навстречу его настойчивым просьбам и пересмотрели их в сторону увеличения.