От такой работы Люшкова был в восторге первый секретарь Дальневосточного крайкома ВКП(б) Иосиф Варейкис. В письме Сталину 8 сентября 1937 года он писал:
«…После приезда в край нового начальника НКВД Люшкова было вскрыто и установлено, что также активную роль в правотроцкистском Дальневосточном центре занимал бывший начальник НКВД Дерибас… …Среди работников железных дорог были выявлены и расстреляны 500 шпионов».
В конце письма Варейкис заверял товарища Сталина в том, что «партийные организации и дольше будут беспощадно бороться с «перерожденцами».
Когда он писал эти строки, то вряд ли предполагал, что «новый начальник НКВД Люшков» уже копает под него яму. Не прошло и месяца после письма Варейкиса Сталину, как его освободили от должности и вызвали в Москву для объяснений в ЦК ВКП(б). До столицы он так и не доехал, был снят с поезда и арестован. Объяснения ему пришлось давать не в ЦК ВКП(б), а в камере на Лубянке. Следователь НКВД не стал их слушать, а предъявил Варейкису обвинение в организации «правотроцкистского Дальневосточного центра».
В результате «активной разоблачительной деятельности» Люшкова в Дальневосточном крае подверглись репрессиям, помимо славившего его Варейкиса, второй секретарь крайкома партии Владимир Птуха, председатель Далькрайисполкома Михаил Вольский, первые секретари Приморского обкома партии Павел Таныгин и Николай Мякинен, первый секретарь Хабаровского обкома Илья Слинкин, первый секретарь Сахалинского обкома Павел Ульянский, начальник штаба Приморской группы войск Отдельной Краснознаменной Дальневосточной армии (ОКДВА) Алексей Балакирев, командующий ВВС Приморской группы войск ОКДВА Иван Флеровский, а также предшественники Люшкова начальники УНКВД по Дальневосточному краю комиссар 1-го ранга Терентий Дерибас, комиссар 1-го ранга Балицкий и многие другие.
Маховик репрессий, раскрученный Люшковым, набирал обороты, и здесь он совершил ошибку. Ему изменило чутье, он не уловил, что из Кремля подули другие ветры. Было ли это связано с отдаленностью от Москвы или с тем, что под давним его покровителем Леплевским закачалось руководящее кресло начальника 3-го управления военной контрразведки НКВД СССР, и тому стало не до своего протеже. Как бы там ни было, но оказалось, что Люшков зашагал не в ногу с партией.
С наступлением 1938 года Сталин начал раскладывать новый кадровый «пасьянс» и сметать с политического поля лишние фигуры. 14 января 1938 года на Пленуме ЦК ВКП(б) с докладом выступил член политбюро Георгий Маленков. Он подверг резкой критике «перегибы» и «перекосы» в работе партийных организаций, связанные с «необоснованными исключениями коммунистов». По итогам заседания было принято постановление «Об ошибках парторганизаций при исключении коммунистов из партии».