Глубокой осенью 1824 года уходил в плавание и Борис Бодиско на шлюпе «Смирный». Оно могло оказаться для него судьбоносным: кругосветный круиз рассчитывался на два года. Но в силу обстоятельств (во время шторма в Северном море получил серьезные повреждения) шлюп «Смирный», перезимовав в Норвегии, 27 мая 1825 года возвратился в Кронштадт.
В начале декабря 1825 года установилась связь моряков Гвардейского экипажа с Северным обществом через Николая Бестужева. Будучи разными по характеру, братья Бодиско по-разному относились и к восстанию декабристов. Михаил активно приветствовал и поддерживал это движение. А Борис сопротивлялся. Но судьбе было неугодно отвести Бориса Бодиско от участия в событиях на Сенатской площади, хотя он противился этому, как мог. В ночь на 14 декабря Борис Андреевич во всеуслышание заявил, что он, не зная планов и сообщников, участия в демонстрации на Сенатской площади принимать не будет. Поэтому утром ротный Гвардейского экипажа Б. Бодиско разъяснил своим матросам, что он ни приказывать, ни советовать им не должен и что дело каждого поступать, как подсказывает ему совесть. Но появившийся вскоре Николай Бестужев, успевший оценить обстановку, действовал решительно: он послал Беляевых, Арбузова и Дивова в роты, с тем чтобы вывести их во двор. Братья Беляевы и Михаил Бодиско освободили ротных, и Гвардейский экипаж с развернутым знаменем и 32 офицерами во главе ринулся бегом на Сенатскую площадь. Среди них были оба брата Бодиско.
Старший брат сдерживал младшего от опрометчивых поступков, но он был как одержимый и вырывался из рук. Когда восставшие начинали проигрывать, несколько офицеров Гвардейского экипажа покинули площадь, в том числе и Михаил Бодиско. Увидев это, Борис попытался уговорить роту последовать их примеру. Матросы отказались. Он остался с ними до конца, верный долгу.
В ту же ночь Борис Бодиско был арестован. После короткого допроса в Зимнем дворце отвезен в Петропавловскую крепость, где по личному указанию Николая I помещен в одиночную камеру. 9 января его перевели в Ревельскую крепость, откуда 5 июня 1826 года возвратили в Петербург; до суда он снова находился в одиночной камере.
Михаил Бодиско был арестован утром 15 декабря в казарме Гвардейского экипажа лично великим князем Михаилом Павловичем. До 3 января он вместе с братьями Беляевыми и Дивовым находился в Главной городской гауптвахте, потом – в одиночной камере Алексеевского равелина. Допрашивали братьев Бодиско мало.
В ночь на 13 июля военных моряков – участников восстания, собранных в Петропавловской крепости, обрядили в парадные мундиры и вывели из камер, чтобы зачитать приговор Верховного уголовного суда. В нем 15 имен: капитан-лейтенанты Николай Бестужев и Константин Торсон, лейтенанты Антон Арбузов, Дмитрий Завалишин, Михаил Кюхельбекер, мичманы Василий Дивов, Александр и Петр Беляевы – «по лишению чинов и дворянства сослать в каторжные работы»… на двадцать, двенадцать, восемь лет. Лейтенанта Николая Чижова – сослать в Сибирь… Всех в Сибирь. По окончании каторги оставить на поселение… Без права возвращения… Еще четверых – мичмана Петра Бестужева, лейтенантов Николая Акулова, Федора Вишневского и Епафродита Мусина-Пушкина – «лишить чинов с написанием в солдаты с выслугой и отправить в дальний гарнизон».