Росписью государственным преступникам мичман М. Бодиско отнесен к пятому разряду за то, что «лично действовал в мятеже с возбуждением нижних чинов», он осужден в каторжные работы на 10 лет, а потом на поселение. Государь император своим указом заменил ему наказание крепостными работами. Борису Бодиско вменялось в вину то, что он «лично действовал в мятеже бытностью на площади», он осужден по восьмому разряду – лишению чинов и дворянства и ссылке на поселение. «Из чувства милосердия» Николай I смягчил наказание Борису, повелев «написать его в матросы». Борис Андреевич был сослан солдатом в действующую армию, Михаил – в Бобруйскую крепость.
12 апреля 1828 года Борис Андреевич был произведен в унтер-офицеры. Перед ним открывалась перспектива ухода в отставку, возвращения к нормальной жизни.
Но 24 мая 1828 года Борис Андреевич Бодиско в возрасте 26 лет был убит во время похода против горцев. Известие о гибели Бориса не скоро дошло до Бобруйска, где отбывал наказание Михаил. Здесь Михаил Андреевич принялся за Евангелие. И в нем постепенно совершился переворот. Вникая в великое учение любви и милосердия, он день за днем постигал сущность его. Евангелие дарило надежду и утешение униженным и оскорбленным, давало ответы на наболевшие вопросы. Заключенные в осеннее время, стоя в ледяной воде, очищали крепостные рвы. От такой работы на ногах образовались незаживающие раны, развился ревматизм. Поэтому несколько месяцев Михаил Бодиско провел в лазарете.
21 июля 1831 года, отбыв пять лет крепостных работ, М. Бодиско был переведен в 49-й егерский полк пехотинцем. Полк шел на усмирение поляков. И снова унижение муштрой, поднадзорностью… И мучительный духовный конфликт: надо убивать братьев-славян, идти против собственных убеждений, чтобы верноподданническим поведением выслужиться и заработать прощение государя-тирана… С 1833 года Михаил Андреевич служил на юге, последние годы – в Бессарабии. В Волынском полку он «нес гарнизонную, караульную и пограничную службы, а также участвовал в борьбе с проникновением в Россию чумы». 3а эти заслуги в 1837 году он получил чин прапорщика и вскоре подал в отставку. 20 декабря 1838 года «Государь Император приказал: уволив от службы прапорщика Волынского пехотного полка Бодиско, запретить ему въезд в обе столицы и учредить за ним, как прикосновенным к происшествию 14 декабря, на месте жительства секретный надзор». В апреле 1839 года он прибыл в город Чернь Тульской губернии, где стал помещиком,
Михаил Андреевич сделался управляющим в доле своих братьев, которые жили в Петербурге. В 1844 году Михаил Андреевич женился на Людмиле Павловне Теличеевой. Прошло еще 11 лет. В 1855 году умер император Николай I. Надеясь на перемены, титулярный советник М. Бодиско, «проживая в Тульской губернии с 1839 года и состоя на службе, постоянно был аттестуем удовлетворительно и ни в чем предосудительном замечен не был», снова просит разрешить ему приезжать в Петербург. На этот раз разрешение было получено. Михаил Андреевич был хорошим семьянином и много внимания уделял воспитанию своих детей. Сыновья пошли по стопам отца. Младший сын Андрей Михайлович (1863—1922) окончил Морской кадетский корпус и Николаевскую академию, заведовал минной частью Черноморского побережья.