Сам Кортес на протяжении всей жизни пользовался доверием индейцев, которые, по свидетельству очевидцев, очень уважали и почитали его. Однако недоверие испанского двора к конкистадору и отношение королевских чиновников в самой Мексике не позволили Эрнану Кортесу осуществить свою мечту – распространить власть Испании до Южного моря и до берегов Азии. Тем временем его, принесшего монарху в качестве трофея могущественную державу, завистники обвинили в стремлении к отделению от испанской короны. Кортес отправился в Испанию для встречи с королем. В конце мая 1528 года конкистадор с внушительной свитой высадился в порту Палое. При дворе императора его приняли со всеми почестями. Кортес поклялся в своей верности монарху. 6 июля 1529 года император пожаловал ему титул маркиза дель Валле-де-Оахака, наградил большим крестом ордена Святого Иакова и подарил ему обширные земельные угодья в Мексике. Однако должности губернатора Новой Испании он не получил.
В июле 1529 года конкистадору были переданы новые участки земли в столице Оахака. Кортес стал сеньором 22 поселений и 23 000 вассалов-индейцев. Женившись на Хуане Суньига, дочери графа де Агилара и племяннице герцога де Бехара, Эрнан получил доступ в наиболее влиятельные дома высшей испанской аристократии.
Весной 1530 года он в сопровождении супруги и своей престарелой матери доньи Каталины вернулся в Мексику, где посвятил себя преимущественно задачам колонизации. Он завез с Кубы сахарный тростник, разводил мериносовых овец и разрабатывал золотые и серебряные рудники. Но эти мирные занятия не могли удовлетворить его натуру авантюриста.
В 1532 и 1533 годах он снарядил две небольшие флотилии. Кортес предпринял попытку основать в Калифорнии поселение. Но подобные предприятия требовали больших денег, не принося ничего взамен. В 1535 году Кортес сам отправился в экспедицию, прошел вдоль побережья Калифорнийского залива до 30-го градуса северной широты. На юге Калифорнийского полуострова он основал город Санта-Крус, нынешний Ла-Пас. В 1539 году три корабля не вернулись назад. Финансовый ущерб, нанесенный Кортесу, составил в итоге почти 200 000 золотых дукатов.
Тем не менее географические открытия были весьма значительными. Было установлено, что Калифорния не остров, а часть материка. Наконец, Кортес исследовал большие участки западного побережья американского континента и Калифорнийский залив.
К сожалению, все инициативы Кортеса в Испании не находили отклика у дворян. По возвращении на родину король также не поддержал его планов расширить границы испанской империи за счет всей территории вновь открытого континента. После трех лет, проведенных в ожидании, Эрнан решил вернуться в Мексику.