При дворе герцога Урбинского царила атмосфера высокой культуры, терпимости, утонченности и роскоши. Герцог не терпел тупых, посредственных слуг. Поэтому от тех, кто служил при дворе, требовалось постоянное развитие и обучение. Особенно это касалось тех, кто был связан с искусством. Отец Рафаэля был достаточно умным и образованным человеком. Он также пытался проявить себя как поэт, и при дворе стихи его воспринимались намного лучше, чем картины.
С самого раннего возраста Рафаэль был знаком с придворной жизнью герцогского двора. Он буквально вырос в этой атмосфере. Эти знания очень пригодились Рафаэлю позже, когда жизнь свела его с заказчиками из самых знатных и богатых слоев общества. Он знал, чем живут сильные мира сего, знал все об их интригах и пороках, а главное, умел общаться с ними так, как они того хотели. У Рафаэля были придворные манеры, он обладал очень общительным и мягким характером, следил за своей внешностью, подражал моде и одевался как настоящий придворный. В отличие от большинства художников он славился своей выдержкой и умением общаться с людьми.
Он был готов бесконечно долго терпеть дурацкие капризы богатых заказчиков и всегда был обходителен, вежлив и мягок. Полная противоположность Караваджо, который рядился в лохмотья и без зазрения совести мог прямо и грубо высказать придворному богачу все, что о нем думает. Придворным, которые привыкли к лести и некоторому раболепству, было очень приятно общаться с Рафаэлем, поэтому впоследствии у него появилось намного больше заказчиков, чем у всех остальных художников. Словом, детство при дворе поместного богача подготовило его к выходу в большой мир, в котором царили такие же интриги и законы, как и в маленьком мирке его детства.
Но детство Рафаэля закончилось очень скоро. В 1491 году умерла мать Рафаэля Маджиа. Очень скоро его отец женился во второй раз. От второго брака у отца родилась дочь Элизабетта. Но не прошло и трех лет, как отец Рафаэля умер — 1 августа 1494 года. Вторая жена отца, забрав дочь, уехала к родственникам. Рафаэль, которому исполнилось 11 лет, остался совершенно один, да еще и на улице, так как вторая жена продала дом его отца. Он остался нищим сиротой.
Его взял на воспитание брат отца Бартоломео, который был священником и жил очень бедно. Дядя был просто поражен талантом мальчика. Ребенок одиннадцати лет мог писать картины лучше своего отца! Есть мнение, что ко многим полотнам отца приложил руку и Рафаэль, помогая отцу в восемь, девять лет писать взрослые картины. Биограф и историк Джорджио Вазари писал о том, что еще маленьким мальчиком «Рафаэль помогал своему отцу писать картины, которые Джованни создавал, живя при дворе в Урбино».