Несмотря на заслуги генерала перед новой властью, его семья неоднократно подвергается репрессиям со стороны революционных, агрессивно настроенных масс. В начале 1793 года Груши отправляет своим родителям охранную грамоту, в которой подтверждается, что он служит в республиканской армии, не эмигрировал, поэтому имущество его семьи охраняется революционными законами и конфискации не подлежит, но часть своих владений он уберечь не сумел. В 1794 году по доносу арестовали его 80-летнего старика-отца и отправили в тюрьму. Для его спасения Эммануэль написал письмо одному из влиятельных депутатов Конвента Мерлену де Тионвилю с просьбой о заступничестве. В этом письме он подчеркивал свою верность делу свободы и просил вернуть его в армию в любом звании, хотя бы даже и рядовым. На это письмо Эммануэль возлагал определенные надежды, так как после свержения в конце июля якобинской диктатуры многие прежние решения отменялись и, в частности, бывшие дворяне уже тоже стали возвращаться в армию. И со всем упорством и максимализмом молодости Груши повторно начинает службу в рядах национальной гвардии уже рядовым солдатом. При этом он хорошо понимает, что не имеет права на ошибку. Каждый промах может стоить жизни, и ему приходится воевать не за страх, а за совесть.
Словно в награду за все тяготы и несправедливости предыдущего времени службы, 11 июня 1795 года Груши восстановили в чине генерала дивизии. Он становится первым начальником западной армии. С этого времени в течение двух десятилетий будущий маршал будет участвовать практически во всех военных кампаниях Наполеона, действуя иногда весьма удачно, иногда – не очень, но всегда надежно и скрупулезно выполняя поставленные перед ним задачи.
Взлеты и промахи «храброго трудяги»
Несмотря на стремительное продвижение молодого генерала по служебной лестнице, наряду со взлетами случались в его карьере и промахи. По мнению Рональда Делдерфилда, во многом они были обусловлены особенностями его характера: «Груши, исповедовавший республиканские принципы, делал очень успешную карьеру. Теперь он имел высокий ранг; вместе с тем он не был человеком, любившим нести ответственность. Впрочем, сам по себе этот факт не объясняет ни его служебные промахи, ни незаслуженную репутацию головотяпа… Он был „храбрый трудяга“, прирожденный пессимист, вечно испытывающий тревогу. Вместе с тем он обладал достаточной бодростью духа и совестливостью, чтобы обратиться к поискам широких плеч, на которые он смог был переложить свои заботы. Он многое делал наобум, ориентируясь на свои представления о том, как нужно поступать в данный момент; увязнув же в трясине обстоятельств, что случалось с ним почти всегда, он всегда ссылался на скрупулезное следование букве приказа. Он был очень надежен в арьергардных боях, но почти не справлялся с задачами, требующими импровизации».