Груши был обескуражен и подавлен неудачей у побережья Ирландии, он жаждал реабилитации и просил разрешения предпринять еще одну попытку, но в этой просьбе ему было отказано. Уже много лет спустя он резко высказался по этому поводу: «Мне бы надо было схватить Буве за шиворот и выбросить его за борт!»
После фиаско в заливе Бентри Эммануэль Груши был направлен в Италию, где ему пришлось воевать против союзной армии Суворова. В схватке при Нови 15 августа 1799 года французская армия потерпела сокрушительное поражение. Генерал Груши сражался храбро и отчаянно, получил во время битвы 14 ранений, одним из которых был разрубленный череп. Но в итоге был все-таки взят в плен. Великий князь Константин милостиво прислал ему своего личного хирурга, который решил, что трепанацию разрубленного черепа проводить не требуется. В противном случае все могло закончиться трагически…
Пройдет долгих восемь лет, но Эммануэль не забудет благородства, проявленного Великим князем, и, будучи в Тильзите, отправит Константину письмо, исполненное искренней признательности за проявленное великодушие и милосердие, в конечном итоге спасшие ему жизнь. После обмена пленными Груши служил в армии генерала Моро, действующей в Германии, и принимал участие в знаменитой битве 2–3 декабря 1800 года у местечка Гогенлинден неподалеку от Мюнхена, где рейнско-гельветическая армия под командованием генерала Жана Виктора Моро наголову разбила австрийцев эрцгерцога Иоанна и генерала барона Пауля Края. Тем самым она открыла себе прямой путь на Вену и поставила победную точку во второй австро-французской войне, закончившейся в феврале 1801 года подписанием Люневильского мира и развалом второй антифранцузской коалиции. В этой битве, помимо Груши, отличился еще один будущий маршал – Мишель Ней, а также генералы Ришпанс и Декан. Сражение началось с атаки австрийской стороны, направившей основной мощный удар в центр французской армии. Гренье, Ней и Груши легко отразили его. В это время оба крыла французской армии все более охватывали противника, блуждающего по незнакомым им лесным дорогам и тропинкам. Когда обходные движения закончились, Ней и Груши, ограничивавшиеся до тех пор обороной, внезапно перешли в наступление. Моро предписал им прорвать австрийскую боевую линию и соединиться с генералом Ришпансом, который как раз в это время ударил на австрийцев с тыла. Маневр этот был выполнен как нельзя более успешно. К трем часам пополудни французы одержали блистательную победу на всех фронтах. Груши по праву стал одним из главных героев этого сражения.