Переговорный процесс затянулся на многие месяцы, так как обе стороны не хотели уступать друг другу. К примеру, маньчжуры настаивали на том, чтобы русские ушли не только с Амура, но и из Забайкалья, тогда как царские послы предлагали сделать границею между двумя державами Амур. Противоположная сторона имела свои доводы. Забайкалье некогда было во владении монголов, которые нынче являлись подчиненными Поднебесной, следовательно, настаивали они, вместе с монголами и Забайкалье должно отойти империи. Все закончилось размолвкой между послами, после чего личные переговоры прекратились. Общаться стали исключительно через нарочных.
Как ни пытались московские послы отстоять Албазин, предлагая сделать его границей между двумя странами, маньчжуры отвергли их условия. Чтобы вынудить русских заключить невыгодный для них договор, азиаты подтянули к Забайкалью свое многотысячное войско, тогда как в распоряжении Головина имелся один стрелецкий пятисотенный полк полковника Скрипицына и еще два полка из сибирских казаков.
Наступила решительная минута, от которой теперь зависела судьба Забайкалья. Снова, в который уже раз, выручил князь Гантимур, вооруживший всех своих тунгусов и присоединившийся к русским отрядам. Поняв, что силой вопрос не решить, маньчжуры вынуждены были пойти на уступки, согласившись с некоторыми спорными статьями договора.
27 августа 1689 года договор подписали. Головин, принужденный согласиться уйти с Амура, сумел отстоять Забайкалье, заставив маньчжуров поклясться в том, что на месте Албазина они не будут строить свой город. Эта маленькая дипломатическая уловка являлась величайшей мудростью. Впоследствии она дала возможность русским отрицать давнюю принадлежность реки Амур Поднебесной.
… 5 сентября 1689 года маньчжурское посольство прибыло к Албазину, и послы вручили Бейтону указ Головина. В том же сентябре на глазах маньчжурских послов и воевод албазинцы сожгли деревянные строения крепости и раскопали с таким трудом возведенный ими вал. После этого они погрузились на предоставленные маньчжурами судна и отправились в Нерчинск.
— Не плачьте, люди! — стоя на корме, успокаивал албазинцев Петр. — Верю, не все еще потеряно… Прощайте, родимые плесы! — неожиданно обернув свой взор назад, воскликнул он. — Бог даст, еще свидимся.
— Э-ге-гей! Обязательно свидимся! — следом разнеслось по реке. — Прощай, Амур! До скорого свидания!