В 1762 году правительство России начало полномоштабные действия по устранению самоуправления Запорожской Сечи. 19 января этого года запорожцы заново принесли присягу уже на имя Екатерины II[311]. Заняв престол, Екатерины II направила кошевому атаману золотую медаль со своим изображением, которую он должен был носить во время исполнения своих официальных обязанностей[312]. Императрица также утвердила новые клейноды для Войска[313]. Вместе с этим ею ограничивались права запорожцев в избрании старшин[314]. Однако казаки не подчинились этому указу. За невозможность и неумение повлиять на запорожцев императрицей был смещен малороссийский гетман и учреждалась малороссийская коллегия, которую возглавил Г. А. Потемкин, совмещая эту должность с должностью генерал-губернатора всей Малороссии[315]. Затем Екатерина II лишила Запорожскую Сечь права устанавливать смертную казнь для преступников[316] и установила подчиненность сечевой церкви киевскому митрополиту[317]. Также императрица дала приказ сечевикам уничтожать гайдамаков и выдавать беглецов[318]. Помимо этого, с 1762 года запорожцам запрещался вывоз серебренных денег за пределы Запорожской Сечи[319].
Описанные нами реформы российского правительства поставили Запорожскую Сечь в критическое положение, окончательно надломив ее самостоятельность. В таких условиях запорожцы прожили до 1775 года. После занятия Запорожской Сечи российскими войсками 5 августа 1775 года был обнародован подписанный Екатериной II манифест об уничтожении «Коша верных казаков»[320]. Запорожская Сечь перестала существовать, а ее земли были присоединены к Новороссийской и Азовской губерниям. На эти земли распространялось общеимперское законодательство, а сами они были розданы русским помещикам.
Делая вывод из описанных нами взаимоотношений Запорожской Сечи и российской власти, можно отметить, что запорожские казаки до последнего старались бороться за свой исконный образ жизни, за свою внутреннюю самостоятельность. Это выражалось в отстаивании своей системы самоуправления, земель и привилегий. Однако после победы в русско-турецкой войне 1735–1739 годов российское правительство уже не видело оснований для сохранения привычного статуса Запорожской Сечи. И Россия гибко и постепенно стала снижать уровень внутреннего суверенитета Сечи. А после захвата Крыма Запорожская Сечь была окончательно ликвидирована. За Дунаем бежавшие запорожцы попробовали воссоздать Сечь, но без взаимодействия с Россией она очень быстро зачахла, а остатки казаков попросились вернуться в Россию.