Организация не только боевой подготовки, но даже и общее состояние службы на кораблях, находящихся в прибалтийских базах, продолжало оставаться на невысоком уровне. В частности, когда в конце января 1940 г. старший морской начальник базы в Таллине капитан 1-го ранга Д. М. Косьмин объявил учебно-боевую тревогу на базирующихся там кораблях, результаты оказались неудовлетворительными. Общая организация службы, организация ПВО и зимней обороны на кораблях находились на низком уровне. Большинство кораблей смогли подготовиться к бою лишь через 6-10 минут. Самым быстрым оказался быстроходный тральщик «Верп», подготовившийся за 4 минуты. Руководящие документы по ПВО и зимней обороне были изучены личным составом плохо, а на некоторых кораблях дежурная служба не знала сигналов тревоги[1815].
Подводя итоги боевой подготовки Краснознаменного Балтийского флота в конце 1930-х гг., следует отметить ряд наиболее серьёзных её недостатков. Основная линия боевой подготовки КБФ всё время была направлена в сторону подготовки к войне с противником, имеющим значительный надводный флот (Германия). Флоты других приграничных государств изучались значительно меньше и к войне с ними готовились менее тщательно. Это приводило к явной односторонности БП флота, не позволявшей ему в полной мере использовать свои возможности в прибрежных шхерных районах.
Учебно-практические мероприятия флота проводились преимущественно в упрощенных, полигонных условиях, совершенно не соответствовавших реальной боевой обстановке. На многочисленных играх и учениях допускалось большое количество условностей и упрощений, сильно снижавших общую полезность этих мероприятий. Оперативные решения, принимаемые командованием сторон на играх и учениях, носили зачастую схематический характер, не отражающий реального уровня развития военно-морского искусства. И даже при всём этом, многие оперативные игры, маневры и учения КБФ имели неудовлетворительные результаты.
Причиной тому была довольно низкая оперативная и тактическая подготовка командно-начальствующего состава флота. Управление кораблями и использование их вооружения редко находилось на высоте. Артиллерийская и минно-торпедная подготовка личного состава страдала многими недостатками. Откровенно плохо на флоте была поставлена десантная подготовка личного состава. Нельзя конечно, не учитывать того факта, что тактические учения флота ввиду стесненности государственных вод СССР до октября 1939 г. могли производиться лишь на очень ограниченном пространстве.
Крайне плохо была поставлена на флоте оперативная разведка, что обнаруживалось почти на каждой оперативной игре или отрядном учении. Новые боевые корабли, поступившие в большом количестве на вооружение Краснознаменного Балтийского флота, не были достаточно изучены личным составом, из-за чего на них имело место немало аварий и поломок. Командный состав КБФ практически не изучал Балтийский театр за пределами государственных вод (Балтийское море, Ботнический залив).