Эмир Сейид Алим-хан бежал в Королевство Афганистан, где и получил убежище.
В эмиграции зарабатывал себе на жизнь торговлей каракулем; по некоторым данным, поддерживал басмачество. К старости почти ослеп, его банковские счета в Российском Государственном Банке были заблокированы по настоянию властей СССР. По некоторым данным, у эмира в этом банке хранилось около 27 миллионов рублей золотом, и ещё около 7 миллионов — в частных коммерческих банках России. Также известно, что летом 1917 года через посредничество русского резидента в Бухаре — Миллера и промышленника И. Стахеева эмир Сейид Алим Хан положил во французские и английские банки 150 миллион рублей. Таким же образом позднее были перечислены ещё 32 миллиона рублей. Завещал написать на своей могиле: «Эмир без родины жалок и ничтожен. Нищий, умерший на родине, — воистину эмир». Умер в Кабуле 5 мая 1944 года.
Многочисленное потомство эмира (около 300 человек) разбросано по всему миру: они преимущественно проживают в США, Турции, Германии, Афганистане, Пакистане, Иране и других государствах.
Один из сыновей бухарского эмира Шахмурад (принял фамилию Олимов) отрёкся от отца в 1929 году. Служил в Красной Армии, участвовал в Великой Отечественной войне (на которой потерял ногу), был награждён орденом Красного Знамени, после войны преподавал в Военно-инженерной академии имени В. В. Куйбышева.
Энвер-паша хоть и был свергнут в результате восстания, но не был убит, как ошибочно сообщил нашим героям Б.В. Анненков. В конце октября 1921 года, имея в руках информацию о составе, численности и дислокации частей Красной армии на территории БНСР, он принял решение противодействовать большевикам и поднять панисламское движение за освобождение Средней Азии от большевиков, для чего взял на себя миссию объединения отрядов басмачей в борьбе с советской властью, и перешёл в восточную часть бухарского государства, где возглавил басмаческие силы в этом регионе. Этому способствовал и созданный ещё ранее по его инициативе подпольный антисоветский Комитет национального объединения во главе с Верховным муфтием Ташкента Садретдином-ходжой Шарифходжаевым.
Энвер-паша с группой турецких офицеров двинулся в Восточную Бухару, переговариваясь с лидерами басмаческих отрядов. Службу басмачам паша начал в отряде Ишон-Султана. После этого он развернул активную деятельность по координации басмаческого движения, и был признан эмиром Сейид Алим-ханом главнокомандующим всеми басмаческими отрядами Бухары и Хивы и части Туркестана.
В феврале 1922 года руководимые Энвер-пашой басмаческие войска захватили Душанбе, затем был организован поход на Бухару. За короткое время он смог занять практически всю территорию Восточной Бухары и значительную часть запада эмирата. Советские представители неоднократно предлагали ему мир и признание его власти в Восточной Бухаре, однако Энвер-паша занял непримиримую позицию и требовал полного ухода советских войск из всего Туркестана.