В мае 1922 года Красная Армия предприняла контрнаступление, использовав реки Амударью, Пяндж и Вахш для переброски войск. Обладающий большим авторитетом Ибрагим-бек, который так и не признал окончательного главенства Энвер-паши, не пришёл ему на помощь. Энвер-паша потерпел несколько тяжёлых поражений, оставил Душанбе. При попытке передислокации энверовых войск в Локайской долине, — Ибрагим-бек неожиданно напал на отряды Энвер-паши с двух сторон, и нанёс ему значительный урон.
Энвер-паша переместился в окрестности Бальджуана, где был выслежен Красной Армией, и проиграл большую битву.
Энвер-паша был убит 4 августа 1922 года в бою с частями Красной Армии (8-я советская кавалерийская бригада) в кишлаке Чагана в 25 км от г. Бальджуана на территории бухарского государства (сегодня территория Таджикистана).
Чекист Георгий Агабеков в своих мемуарах описывает операцию по обнаружению местонахождения Энвер-паши (Агабеков с напарником под видом торговцев внедрились в местное население и с помощью подкупа выяснили дислокацию штаба Энвер-паши) и цитирует рапорт командира конного дивизиона, атаковавшего штаб Энвер-паши: «Штаб басмачей во главе с Энвер-пашой бросился в горы, но наткнувшись на эскадрон, посланный в обход, принял бой. В результате боя штаб противника уничтожен. Успели спастись только трое. 28 трупов остались на месте боя. Среди них опознан и Энвер-паша. Ударом шашки у него снесена голова и часть туловища. Рядом с ним был найден Коран».
Согласно воспоминаниям генерал-лейтенанта в отставке В. И. Уранова, Энвер-паша был убит в перестрелке в кишлаке Чагана в 25 км от г. Бальджуана (Таджикистан).
Могила Энвер-паши была местом паломничества до середины тридцатых годов, потом советскими властями холм был срыт, но могила продолжала посещаться местными жителями. Эта могила получила название мазора Хазрати-шох (мавзолея Святого Шаха). Прах Энвер-паши был торжественно передан президенту Турции Сулейману Демирелю таджикским лидером из Бальджуана Изатулло Хаёевым 4 августа 1996 года.
Сидней Рейли поначалу вернулся в Лондон. Вследствие военных авантюр финансовые дела Рейли пришли в упадок. В 1921 он вынужден продать на нью-йоркском аукционе большую коллекцию вещей Наполеона. Он получает около 100 000 долларов, но этих денег на его стиль жизни на долго не хватит. Рейли входит в тесные отношения с представителями русской эмиграции, лоббировал в английском правительстве финансирование белоэмигрантского Торгово-промышленного комитета (Ярошинский, Барк и др.), тесно сошёлся с Савинковым и с его помощью осенью 1920 года лично участвовал в действиях на территории Белоруссии армии Булак-Балаховича, которая вскоре была разгромлена РККА. В 1922 году с помощью Савинкова и Ю. Эльфергрена организовал на деньги Торгпрома покушение на глав советской делегации Генуэзской конференции, которое тоже провалилось. Был причастен к организации антисоветской провокации с «письмом Зиновьева».