Теперь он понимал, что оборона Севастополя лишилась своего организатора и главного руководителя.
Отправляя в Николаев курьера с бумагами Корнилова к его семье, он в записке контр-адмиралу Метлину сокрушался: «Он умер как герой… Завтра снова дело. Я не знаю, что будет с Севастополем без него и на флоте, и в деле на берегу».
Теперь на плечи Нахимова легла новая ноша: по долгу и по совести исполнять обязанности Корнилова, хотя формально он не имел никаких прав. Редкий день он не объезжал линию обороны, показывал пример мужества, никогда не кланялся вражеским ядрам.
Сменивший Корнилова вице-адмирал Станюкович предупреждал Нахимова, чтобы он ни во что не вмешивался. Но как мог быть равнодушным наблюдателем флагман эскадры, когда на берегу, на Малаховом кургане, на бастионах, отстаивали Севастополь экипажи его кораблей, под командой моряков Истомина, Новосильского, Панфилова, Зарина и многих других?
Только в конце февраля 1855 года Нахимова назначили командиром Севастопольского порта и военным губернатором Севастополя. В этот же день начальник гарнизона генерал Остен-Сакен представил в Петербург ходатайство о производстве Нахимова в адмиралы.
«Вице-адмирал Нахимов во всё время 165-дневной осады Севастополя сначала не принадлежал к её обороне, потом с 28 ноября в качестве помощника и замещения меня в случае смерти или раны чрезвычайно способствовал успешной обороне Севастополя: блистательною неустрашимостью, влиянием на войска, приобретённою любовью и уважением, неусыпною деятельностью, доходящую до того, что непрестанным осмотром бастионов, редутов, батарей и траншей ему известно направление орудий в каждой амбразуре.
Вице-адмирал Нахимов имеет неисчислимые заслуги».
В первую неделю марта на Камчатском редуте был сражён насмерть вражеским ядром контр-адмирал Владимир Истомин, один из сподвижников Нахимова, душа обороны Малахова кургана. Провожая тело В. Истомина в склеп, где лежали тела М. Лазарева, В. Корнилова, Нахимов сквозь слёзы проговорил с сожалением:
— Эти прыткие молодые люди, они… да-с, они очень спешат-с.
Он не скрывал от окружающих после смерти Корнилова, что его желание иметь последнее прибежище рядом с ними… и Михаилом Лазаревым.
В конце марта 1855 года за отличие при обороне Севастополя И. Нахимова произвели в адмиралы. Вскоре он сдал эскадру контр-адмиралу П. Юхарину и все силы отдавал теперь обороне колыбели флота. Каждый день во флотском сюртуке с эполетами объезжал всю линию обороны на шести бастионах, Малаховой кургане и 10-й батарее. Находился в самых опасных местах, во весь рост ходил на передовой, не прячась за укрытия, не страшась проносившихся ядер и свистевших вокруг вражеских пуль. Всюду его появление воодушевляло матросов и солдат. Нахимов стал для защитников Севастополя своеобразным символом неколебимости обороны. Во время ожесточённых неприятельских штурмов 26 мая и 6 июня 1855 года Нахимов своим примером и действиями предотвратил захват неприятелем Малахова кургана, «ключа всей обороны». 28 июня противник возобновил усиленную канонаду, обстреливая 3-й бастион и Малахов курган. В тот же день Нахимов направился вначале на 3-й бастион, затем побывал на батарее лейтенанта Жерве и оттуда к вечеру поскакал на Малахов курган. Всюду слышались разрывы бомб и посвист пуль.